收穫100 千克稻穀， 吸收氮、磷、鉀的量大概是： 氮（N）21 ~24 千克、五氧化二磷（P2O5 ） 125 千克、氧化鉀（K2O）313 千克， 氮、磷、鉀的比例大概為2 ：1 ：3。水稻需矽量很大，生產100 千克稻穀， 吸收175～20 千克矽， 因此在高產栽培時，要進行稻草還田， 施用矽酸肥料或秸稈堆肥， 以便滿足水稻對矽的需要。水稻的正常生長還需要硼、錳、銅、鋅、鉬等微量元素， 也要注意供應。
在不同的生育進程中，水稻對營養元素的吸收也不同。一般在苗期營養元素的吸收量少， 隨著生長發育的進行， 營養體逐漸大量生長， 對肥料的吸收也相應提高， 到抽穗前達到最高， 以後， 其根系活力減退了， 對營養元素的吸收量也會逐漸減少。在分櫱期對氮素的吸收達50%， 為最高水平， 其次為幼穗發育期， 但品種間有差異。在幼穗發育期， 對磷的吸收占50% 左右， 達到最高值， 分櫱期次之， 在結實成熟期仍吸收相當數量的磷； 在抽穗前對鉀的吸收最多， 抽穗後吸收很少。水稻的施肥量， 可根據土壤對養分的供應量、水稻對養分的需要量以及所施肥料的養分含量和利用率進行全面考慮。水稻對土壤的依賴程度和土壤肥力關係密切， 土壤肥力越低， 土壤供給養分的比例越小。
可以將稻田用肥按施肥時期分為基肥和追肥。水稻移栽之前施用的肥料就是基肥， 包括面肥和底肥。基肥以有機肥料為主，以適量化肥為輔， 主要採用全層施肥方法， 也可以採用淺層施肥和表層面施的方式。按施肥時期可以把追肥分為分櫱肥、穗肥和粒肥。
在水稻返青分櫱期施用的肥料叫做分櫱肥， 可以使分櫱早生快發。連作早、晚稻通常在移栽後1 周內一次性施用氯化鉀和尿素。在返青期， 單季晚稻施用鉀肥和尿素， 在分櫱期， 要根據苗情補施尿素。穗肥就是在幼穗分化期施用的肥料， 可以加快水稻的幼穗分化和生長發育。肥料又可分成促花肥和保花肥。施用促花肥是為了促進穎花的分化， 通常在倒3 葉出生時施適量的速效性肥料。施用保花肥是為了保護穎花的生長發育， 通常在倒1葉露尖後施適量的速效性肥料。粒肥就是指水稻抽穗之後施用的肥料， 以增強植株的後期生長、增加粒重。一般採用根外追肥的辦法， 如噴施磷酸二氫鉀或1% ~2% 的尿素， 使用時以傍晚噴施為好， 應避開花期。
水稻的幾種施肥方法： 一是「前促冶施肥法。其特點是在水稻生長前期施入所有肥料， 多採用早施攻櫱肥、重施基肥的分配方式， 通常基肥占總施肥量的70% ~80%， 剩餘肥料在移栽返青後就全部施用。
二是前促、中控、後補施肥法。注重稻田的早期施肥， 強調中期限氮和後期氮素補給， 通常基肥、分櫱肥占總肥量的80%～90%， 穗肥、粒肥占10%～20%， 適合分櫱穗比重大、生育期較長的雜交稻。
三是前穩、中促、後保施肥法。減少前期施氮量， 中期重施穗肥， 後期適當施用粒肥， 通常基肥、分櫱肥占總肥量的50% ~60%， 穗肥、粒肥占40% ~50%。另外還有一次性全層施肥法等， 近來有了較快的發展。高產水稻還要增施磷鉀肥和有機肥， 提倡氮肥深施。增施有機肥不僅能為土壤提供較多的腐殖質， 使土壤肥力得到提升， 還能通過無機肥料和有機肥料的配合， 對營養元素的循環和平衡起很重要的作用， 是調節水稻營養的重要措施。為了促進根的生長， 提高水稻的抗逆性， 可以增施磷肥。
為了增高水稻體內纖維素和木質素的含量， 使其莖稈堅韌， 提高其抗倒能力， 提高其葉片的光合效率， 可增施鉀肥。
為了將銨態氮肥施在土壤的還原層， 必須深施氮肥， 因為還原層缺氧， 銨態氮無法轉化成硝態氮而隨水流失， 能使氮素很好地保存於土壤中， 達到提高氮肥利用效率、延長肥效的目的。為了達到深施的效果， 可以先施肥後翻耕， 也可以採取「以水帶氮冶的方式進行深施， 即在施氮肥後馬上灌水， 通常沿豐產溝緩慢地流入稻田， 使施入的氮肥隨水深入到耕作層， 實現深施。