隨著新冠肺炎疫情擴散，無論是大陸與台灣均對疫情拉高防控層次。但在應對疫情過程中，蔡英文當局採取多項禁制兩岸交流的動作，包括禁止口罩出口1個月、禁止大陸民眾入台、專門隔離在台陸生、關停大小「三通」等等，引發兩岸關係倒退，其衝擊頗大。
台灣學者在《中國時報》發文指出，蔡英文當局的種種措施至少引發三點爭議。
首先，影響陸港澳生交流及學習受教權。蔡當局自2月3日起暫緩陸生、2月11日起暫緩港澳生入台學習。除了已在台灣者，總計約15900名大陸學生受影響；港澳生若扣除在台灣者也有7972名，總計影響23872人。評論指出，該措施將降低陸生、港澳生未來選擇到台灣就讀的熱情，各校可能僅剩極端少數甚至零陸生的情況。
其次，是允許陸配子女返台權益的爭論。蔡當局本宣布持「社會考量專案長期居留證」或「長期探親證」的台灣居民或陸配的大陸子女准予入境，入境後須居家檢疫14天。但沒想到，其後不久台灣疫情指揮部門宣布撤回「開放陸配子女入台」的相關政策。這種「朝令夕改」的做法，凸顯蔡當局以政治意識形態為標準阻礙兩岸正常交流的無恥行徑。
最後，是滯留武漢台胞返台的爭辯。2月3日由東航搭載首批247名滯留武漢台胞返台；但此後，台灣當局則以各種藉口拖延、刁難台胞返鄉。時至今日，仍有大批台胞因台當局「技術性」杯葛，無法返回台灣。
評論批評，蔡英文鼓譟「保台抗中」及兩岸對立，達成選票極大化目標；當選連任，更投向參與及扮演美國建構印太戰略圍堵中國大陸的角色。學者指出，這樣的政治操作不僅疏離兩岸人民的善意，同時也可能讓大陸網友從反對 「台獨」轉向「反台灣」，導致「武統」聲浪飆漲。兩岸若因疫情防控激發相互仇恨的情緒，實屬不智之舉。（中國台灣網 高旭）