咖啡烘焙與咖啡風味有緊密關係，但除了與咖啡烘焙有關之外，空氣＆濕度＆溫度同樣對咖啡風味有很大的影響。
空氣：
為什麼我們總是建議咖啡存放的條件必須滿足密封罐？原因是為了隔絕空氣，由於咖啡豆本身含有油脂，當烘焙程度愈重時，表面出油的情形就愈明顯，加上咖啡豆非常嬌貴，如果這些油脂和空氣接觸會產生氧化反應，進而產生使咖啡產生油耗臭味，在日常存放咖啡應儘量減少跟空氣的接觸。
濕度：
烘焙好的新鮮咖啡豆含水量很低，一般烘豆完畢的豆子水分含量通常在1——2％之間，若天氣潮濕時便會吸入水分，吸收的水分就會對咖啡產生影響。這種現象被稱為「非意料中的提前萃取」，會使咖啡的香氣快速變質，且產生不好的氣味。
如果咖啡豆存放的環境比較潮濕，咖啡豆就會變成吸濕劑，受潮而導致含水量變高，咖啡豆一旦受潮，就會很容易變質發霉，這將大大縮短其保質期，咖啡的芳香與品質也會快速喪失，不僅會影響沖泡出來的咖啡口感，而且對身體健康不利。
不建議放冰箱保存，冰箱裡的低溫固然可以減緩咖啡的自然敗壞，是不錯的儲存場所，但是，冰箱裡的空氣冷而乾燥的，容易蒸發豆內的水分，使得香味流失；再加上冰箱裡的雜味太多，所以應該用真空罐來保存咖啡豆比較適合。所以，一般情況下，建議常溫（室溫）保存，不宜放冰箱，只要密封好放在陰涼乾燥的地方就可以了。
溫度：
室溫是保存咖啡豆的核心要點，建議咖啡豆在室溫下保存，避免高溫、強光照射。為了避免高溫造成的品質劣變，應選擇曬不到太陽、沒有人照光近距離直射、避開瓦斯爐等火源的陰涼場所來存放咖啡豆。
雖然咖啡豆在真空包裝狀態下的保存期限為真空罐約24-28個月，柔性膠膜之真空包裝為12個月，但為了達到更好質量和香味的享受，買得適量，又能在有效期限內沖煮完畢，才是明智之舉。
但是，若已買的咖啡豆無法在短期內飲用完時，為了不失其新鮮度，必須裝在密封罐中，再放入冰箱，那麼效果更佳。
因此，建議咖啡豆儲存的條件最好是密封、避光、常溫存放，另外，烘焙好的咖啡豆，會隨著時間而發生變化。一般情況下，放置一定時間的咖啡豆就會失去香味，味道也可能會變得不好，咖啡豆最好等要使用時才開始研磨，不要一次研磨太多，因為成粉狀的咖啡粉與空氣接觸的面積增加，較易氧化或變質，建議研磨咖啡粉最多不超過30天，咖啡豆儘快在1個月內喝完。
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