1月31日，廈航率先響應黨中央的號召，積極配合外交部，按照民航局要求，決定執行兩個特殊加班航班，分別從泰國曼谷、馬來西亞哥打基納巴盧運輸滯留在當地的逾200名湖北籍旅客返回武漢。
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兩架飛機分別於13:17,13:34從廈門高崎國際機場起飛，前往兩地，運載回湖北籍同胞返鄉後，再調機返回廈門。廈航高度重視本次特殊航班的運輸工作，在安全、防疫等各方面均做了充分的準備，確保將這些旅客安全地接回國內，確保參與執行航班任務的人員防護到位。在機組的選擇上，廈航選派政治忠誠可靠、業務素質過硬的黨員、幹部機組人員執行航班，並指導培訓他們全副武裝做好自身的防護。航班任務執行完畢，他們還將集中隔離留觀14天，再返回工作崗位。
除此之外，廈航還將嚴格按照國家發布的防控應急預案和消毒方案，對這兩架執行特殊任務的飛機進行全面、徹底的消毒工作。此外，兩個航班都有廈門市衛健委派出的專業醫生、護士隨機飛行，進一步加強航班的防疫力量。