土地增值稅暫行條例第二條規定，轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人。如果企業股東以轉讓百分之百股權的方式轉讓房地產，要按此規定繳納土地增值稅嗎？本文結合案例分析認為，關鍵要確定有關規定中的「轉讓」是否包括間接轉讓。
最近，有稅務實務界的朋友向小編提出一個問題：如果企業股東以轉讓百分之百股權的方式轉讓房地產，要不要繳納土地增值稅？他說諮詢一圈專業人士下來，得到的反饋是肯定的、否定的幾乎對半。小編馬上想到一個類似案件，該案曾引發對此類轉讓要不要繳納土地增值稅的熱烈討論。
案件：一企業以轉讓股權方式轉讓房地產
該案情況如下：
2012年12月，原甲市地稅局稽查局對A房地產開發公司進行稅務檢查，發現一個涉嫌巨額逃稅問題。
2004年5月2日，A公司和B股份有限公司（以下簡稱B公司）簽訂土地使用權轉讓合同，將其名下的10宗土地使用權，分3期過戶給B公司。隨後，A公司與B公司指定的C有限公司（以下簡稱C公司）進行了具體轉讓操作，土地轉讓款項也由C公司支付給A公司。A公司在進行兩宗土地使用權的轉讓及收款後，改變土地使用權轉移的方式，與C公司簽訂《投資合作協議》，決定成立項目公司——D有限公司（以下簡稱D公司），以剩餘的8宗土地使用權作價投資到D公司，再將股權轉讓給C公司，最後退出D公司。
由於按照稅法規定，股權轉讓不徵收營業稅，2006年3月2日以前以土地使用權作價投資入股，被投資企業不從事房地產開發的也不徵收土地增值稅，通過上述操作，A公司有關轉讓需繳納的稅款，較之直接轉讓土地使用權要繳納的稅款，減少大概上億元。
爭議：要不要對有關轉讓徵收土地增值稅
根據檢查情況，稽查局認為，A公司以土地作價投資入股，轉讓股權，其實質是間接轉讓房地產，目的是逃避繳納轉讓土地使用權的相關稅收。
土地增值稅暫行條例第二條規定：「轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物（以下簡稱轉讓房地產）並取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人（以下簡稱納稅人），應當依照本條例繳納土地增值稅。」據此，應認定A公司以土地作價投資入股，轉讓股權的行為是土地使用權轉讓行為，對其補征相應的稅費。事實上，國家稅務總局曾針對類似個案作出過「應予以徵稅」的批覆（國稅函〔2000〕687號、國稅函〔2009〕387號、國稅函〔2011〕415號）。
但案件提交原甲市地稅局重大稅務案件審理委員會後，出現不同意見，認為股權和房地產在法律上和經濟實質上是完全不同的，現行的土地增值稅暫行條例及其實施細則也沒有規定轉讓股權需要繳納土地增值稅。稅務總局有關批覆只針對個案，不具有普適性，按照稅收法定原則，不可將其作為徵稅依據。
為使案件得到妥善處理，該局就有關問題向上級稅務機關提出書面請示。上級稅務機關獲悉有關情況後，派出由政策法規部門負責人帶隊，相關稅種和征管部門參加的小組現場調研，經過調研認為，由於現行稅法沒有規定股權轉讓需繳納營業稅和土地增值稅，本案當事人不應繳納這兩項稅款。最終，該案以「對以股權轉讓方式轉讓土地使用權的行為不徵收營業稅、土地增值稅」的結果結案。
不過，在實踐中，有關此問題的認識並未統一，依然是兩種觀點並存。一些稅務中介機構人士對此問題認識模糊，為避免風險，具體操作前會先徵求主管稅務機關的意見。
分析：這種轉讓方式的業務實質是什麼
小編認為，討論這個問題，需要先分析：以轉讓百分百股權的方式轉讓房地產，其業務實質是什麼？顯然，這種轉讓的實質是轉讓房地產，由此可以達到避稅的目的。按照徵稅派的觀點，如果不對這種轉讓行為徵收土地增值稅，會讓轉讓方逃逸稅法的管轄。
然而，可以只根據經濟實質就讓轉讓方納稅嗎？稅法的法律屬性要求其必須重視法律形式，實質重於形式主要是會計原則，多數情況下無法在執法環節適用，土地增值稅也不例外。本案中，轉讓方在法律形式上並未轉讓房地產，在沒有徵稅依據的情況下不應對其徵稅。
股權和房地產是不同的物，對應不同的權利。轉讓股權的是D公司的股東，而不是D公司本身。若對有關股權轉讓徵收土地增值稅，會形成與公司法、物權法相衝突的情況。
公司法第三條規定：「公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。公司以其全部財產對公司的債務承擔責任。有限責任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔責任；股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔責任。」若對有關股權轉讓徵收土地增值稅，對應納稅人就由公司變成公司股東，一定意義上會造成公司與股東的混同。
在物權層面，本案中，有關不動產物權的所有人——D公司，並未轉讓其名下的房地產，沒有發生轉讓不動產的民事法律行為。這種情況下，若對有關股權轉讓徵收土地增值稅，會造成與物權法的矛盾。
關鍵：確定有關徵稅規定中「轉讓」的含義
圍繞有關股權轉讓的徵稅問題，有支持徵稅者認為，按照法律解釋方法，土地增值稅暫行條例第二條規定有一定的解釋空間，即其中所提的「轉讓」既包括直接轉讓，也應包括以轉讓股權形式的間接轉讓。
小編認為，如果這種解釋成立，還需要一定的形式賦予其效力。稅法解釋分立法、司法和行政三個層面，而目前，就有關問題的稅務處理，小編能搜索到的僅是幾個針對特定案件的個案批覆，這些批覆處理並沒有普適性，不能被作為對有關轉讓行為徵收土地增值稅的依據。
在小編看來，土地增值稅暫行條例第二條規定所說的「轉讓」是不包括間接轉讓的。
正如上述分析，雖然D公司的股東以轉讓股權形式轉讓了房地產，但D公司並未轉讓其房地產。如果股東成了有關轉讓的土地增值稅納稅人，那麼D公司日後將房地產轉讓或者開發成商鋪、住宅、寫字樓等產品進行銷售時，其扣除的「取得土地使用權所支付的金額」是多少？是公司當初購入該房地產時支付的金額，還是其股東轉讓其股權的金額？如果股東轉讓股權時已經繳納土地增值稅，再按前者扣除顯然不合理。如果按後者扣除，此前的土地增值稅是公司股東繳納的，有關轉讓股權的價款並不是公司購入房地產的價款，如何扣除？這樣扣除，扣除憑證也不合規。
目前，有關徵收土地增值稅的依據就是土地增值稅暫行條例及其實施細則。而根據上述分析，有關法規並沒有規定對股東以轉讓股權形式轉讓房地產的行為徵稅。
在小編看來，由於我國土地增值稅實行超率累進稅率，對於有關轉讓行為不徵收土地增值稅，不但不會造成稅收流失，反而會在涉案公司以後將房地產開發完成，上市銷售時，徵收到更多的土地增值稅。因此，不必擔心股權轉讓環節造成稅款流失。
也許有人會說，這涉及稅收公平問題，怎麼能讓涉案公司的股東以這種方式取得巨額收益，卻不承擔相應的土地增值稅納稅義務？小編認為，這個問題會以市場方式得到解決。市場經濟講究交易平等自願，房地產是商品，買家既然決定以接收股權的方式承接房地產，說明其對以後要繳納的土地增值稅是願意承擔的。
社會經濟紛繁複雜，法律永遠是有漏洞可鑽的，稅法也不例外，不可能嚴絲合縫。綜合上述分析，小編認為，對於有關轉讓行為的涉稅處理，稅務機關宜保持一定的謙抑性。