孔廟是祭祀孔子及其夫人亓官氏和七十二賢人的地方，是推廣儒家教化而興建的重要禮制性建築。曲阜孔子廟是世界上第一所孔子廟，也是世界孔子廟的祖庭。衢州被孔氏稱為「第二聖地」。歷史上，北宋末年，金兵南侵，宋高宗趙構南渡建都於臨安。孔子後裔——第四十八代衍聖公孔端友，抱負著孔子和元官夫人的一對楷木像從山東曲阜南遷至衢州，建立孔氏家廟，這就是南宗孔氏家廟。從此後衢州也就被孔氏稱為「第二聖地」。
孔氏南宗家廟位於衢州市柯城區府山街道新橋街中段北側，為中國僅有的兩座孔氏家廟之一，素稱「南宗」，該廟占地面積14000平方米，建築面積7490平方米。距今約有700多年的歷史。據史料記載，北宋末年，金兵南侵，宋高宗趙構倉促南渡，建都於臨安，孔子第48代裔孫孔端友，負著孔子和孔子夫人的楷木像，離開山東曲阜，南遷至此，後敕建孔氏家廟，為宗廟。
孔氏南宗家廟廟門為一座單糖歇山頂建築.在石須彌座的圍牆襯托下，顯得威嚴莊重。廟門上方，懸掛著一塊由當代著名書法家沙孟海題字的「衢州孔氏家廟」匾額，字體蒼勁有力。正門兩邊一對石獅，顯示出聖地的尊嚴。廟門是根據明代衢州孔氏家廟圖，結合清代建築風格重新設計證。
1996年，孔氏南宗家廟被國務院公布為第四批全國重點文物保護單位
2006年，孔氏南宗家廟被命名為「浙江省廉政文化教育基地」。
孔氏南宗家廟既是官廟，亦有家廟功能，是衍聖公南遷後祭祀孔子先聖的地方，且比擬曲阜而建，具有重要的歷史地位和極高的文物價值。當然因南渡後，特別是讓爵後，地位下降，更沒有如山東曲阜那般顯赫，但它仍然發揮著兩方面的作用：一是祭祀先聖，二是育人。
衢州孔氏南宗家廟有中、西、東三條軸線：中軸線有大成殿，祭祀孔子。西軸線有六代公爵祠、襲封祠、五支祠，以祭祀孔氏歷代先祖；思魯閣供奉孔子夫婦楷木像、先聖遺像。東軸線有五王祠、恩官祠，祭祀孔子之五世祖及有功於衢州孔氏的歷代官員。家廟西側是嫡長孫居住的孔府及後花園。
思魯閣位於孔廟大成殿西側，是一座古色古香的二層樓房，現闢為孔氏家廟陳列室。