編者的話：當下，中國面積最大的省區新疆，愈來愈受世人關注，包括她遙遠的過去。新疆發展的歷史是紛繁複雜的，要把她講清楚，是不易的，而要在不太長的篇幅中描述她的面貌、釐清她的脈絡，並能讓一般讀者了解和認識她，就更不易了。本網連續刊發相關係列文章，試圖讓你在一篇篇不長的文字中，了解她的面貌。
13世紀的蒙古汗國，不僅統一了歷史上最遼闊的北方草原，而且成為第一個統一包括整個西域在內的、中華帝國的草原民族。元朝於1206年，以成吉思汗創建蒙古國為標誌，1208-1218年，滅西遼統一西域。元朝雖然於1368年國亡，但其蒙古貴族的後裔，基本上是西域長期的統治者（除明朝對哈密100多年的統轄期），直到1755年清朝統一新疆。
當年成吉思汗西行，路過崎嶇蜿蜒的果子溝，其先頭部隊及築路大軍，已在此架好了橋修好了路。
分封汗國、設行省統轄西域
元朝大規模西征有三次，其疆域向西延伸，可謂隨馬蹄而擴大，凡中亞及東歐一些地區儘其所有，疆域之廣，空前未有。為了管理包括西域在內的超大地區，元朝中央政府採取了以下管理措施。
（1）設置達魯花赤。這是元代由中央政府派往西域進行監督統治的長官，其位居當地官員之上。1223年，成吉思汗在高昌、于闐、乞思哈兒（今喀什）、葉爾羌（今莎車）、別失八里（即北庭，今吉木薩爾北）、阿力麻里（今霍城縣西北）以及中亞各地設立了達魯花赤。
（2）分封汗國。1225年，成吉思汗將建立的蒙古國分封給四個兒子做為封地，即欽察汗國，也稱金帳汗國（因可汗帳頂塗以金色）；察合台汗國；窩闊台汗國；蒙古汗國本部。以上四國分別賜於長子朮赤、二子察合台，三子窩闊台、四子托雷。這些地區的軍政大權，由大汗派官吏直接管轄，當地諸王不得干預。其中今新疆地區分屬兩個汗國，即察合台汗國和窩闊台汗國。前者領地包括天山南北、中亞的吉爾吉斯、哈薩克東南部、烏茲別克和土庫曼大部，及阿富汗和巴基斯坦北部地區。後者領地包括新疆阿勒泰、塔城及阿爾泰山以北至鄂畢河上游等多地。
（3）設置行省。這是行尚書省或行中書省的簡稱，也可簡稱省，是元代最高的地方行政機構。成吉思汗死後，蒙古帝國中央政府為加強對西域的統治，於1251年設立別失八里行省，管轄天山南北畏兀兒（自蒙元時，稱回鶻為畏兀兒）地區。1271年又設阿姆河行省，管理中亞阿姆河以南及喀什噶爾等地區。同年又設立阿力麻里行省，管轄伊犁河流域。
（4）設立軍事機構。設立都護府、元帥府、宣慰司、西域衛親軍都指揮使司等，統轄天山南北軍政事務。
（5）其它措施。1271年還在畏兀兒地區設立斷事官。1281年始，還設立從山西到天山北的別失八里的 30個驛站；1274年又在天山以南的于闐（今和田）和雅爾堪（今莎車）兩地設立13個水驛。與此同時，又在畏兀兒境地設4個驛站。
同時，還設立了具有銀行和財政性質的交鈔提舉司和交鈔庫；在畏兀兒境內設立提刑按察司；設立專門掌管西域戶籍的總管府。
東察合台汗國管轄天山南北大部
1348年，察合台汗國分裂為東西兩部，西部已基本伊斯蘭化，東部在逐漸統一的過程中亦伊斯蘭化。東察合台汗國1348-1570年，管轄包括天山南北大部分地區的西域廣大地區，是明朝前期西域最大的汗國，延續時間222年。
東察合台汗國在阿克蘇地區建立後，不僅使天山南北免於動亂，而且因為擁立成吉思汗第七代孫禿黑魯•帖木兒，因而也得到了蒙古諸部的支持，同時也填補了因察合台汗國覆滅而導致的政權真空。
資料圖：成吉思汗第七代孫禿黑魯•帖木兒。
之後，禿黑魯•帖木兒為了擺脫「傀儡」鞏固政權，爭取日益眾多的穆斯林的支持，在中亞著名蘇非派傳教士額什丁和卓主持下，皈依了伊斯蘭教，成為新疆地區第一個信仰伊斯蘭教的蒙古可汗。
之後，歷代汗王都以傳播伊斯蘭教為已任，通過和平或武力向東向南推廣，並與東部龜茲、高昌回鶻等諸佛國進行了100多年的宗教戰爭。其間明朝北征瓦剌（衛拉特）的戰爭，導致「土木之圍」，明皇被俘，勢力削弱，不圖西域。1487年，東察合台汗國遷首府於東部吐魯番，控制了南疆和東疆。
1514年，因王位之爭，在葉爾羌地區取勝的一方建立了新政權——葉爾羌汗國，東察合台汗國分裂。東察合台汗國在1565年與瓦剌蒙古進行戰爭中，力量進一步削弱，於1570年被葉爾羌汗國兼并，東察合台汗國滅亡。
葉爾羌汗國主要管轄南疆和東疆
繼東察合台汗國之後，仍由東察合台汗國後裔統治的葉爾羌汗國（1514-1680年）取得了在東疆和南疆的統治地位，並曾一度統治了天山以北。在依靠伊斯蘭教力量的同時，汗王也受到和卓家族的威脅，於是新汗王又從中亞請來另一蘇菲派傳教團和卓取代了前者。「和卓」原意為「聖裔」，是指伊斯蘭教創始人穆罕默德的後裔。為防止和卓勢力坐大，新汗王又另擇蘇非派更新的和卓為其宗教導師，以鞏固汗位，而且歷代汗王尊重此師。
隨著世俗統治集國內部的權力之爭，宗教和卓家族勢力之間的教權鬥爭日益激烈，當宗師去世後，其侄又形成了俗稱為白山派和其後人的黑山派的兩大宗教派別的鬥爭。在世俗與宗教各自內部的惡性循環鬥爭中，和卓由汗王的支持者變為政權的操縱者，並最終導致了汗國的政治危機。
1667年當白山派支持的汗王得勝時，黑山派的支持者繼續反擊，最後在北疆衛拉特蒙古準噶爾勢力的支持下，黑山派打敗對手稱王，血洗白山派。白山派和卓流亡中亞，後又輾轉前往西藏求助於五世達賴嘛，1680年準噶爾汗國的統治者、五世達賴嘛的學生噶爾丹受託派兵打敗黑山派的支持者，但白山派的目的沒有達到，反使葉爾羌汗國滅亡，天山以南地區成了準噶爾蒙古汗國的領地。
元代時期的阿力麻里，也就是今天新疆的霍城縣域，當年這裡也是阡陌叢橫，稻花飄香。l
準噶爾汗國管轄天山南北
準噶爾部為明朝稱瓦剌的衛拉特蒙古四部之一，其它三部分別為和碩特、土爾扈特和杜爾伯特。17世紀中，準噶爾部代替和碩特部成為衛拉特盟主，1679年準噶爾汗國建立，新首領噶爾丹自稱汗王，並一再表示臣屬清朝，之後，整個新疆及中亞東部地區盡在其疆土範圍。
直到1755年，清朝平定準部統一天山南北。
明朝直接和間接管轄新疆部分地區
1368年朱元璋推翻元朝，所建明朝伊始，西域各地紛紛遣使朝貢。此時東疆一帶實際上是蒙古宗室後裔兀納失里的屬地，不歸東察合台汗國管轄。當時兀納失里乘機稱王，並建哈密王國（1368-1513年）。同時也阻止明朝於西域的貿易往來。明朝於1391年進軍西域，收復哈密，在哈密設衛（1406-1513年），自此，東疆地區置於明朝的直接統治之下。
哈密衛是明政府直接管轄的一個軍政單位，戰時領軍保衛邊防，平時管理行政事務。其要職是：任命哈密衛各級官吏，發放任職證書、印章和冠服，保衛哈密衛的安全、賑濟遭受災難的哈密人。其對明朝中央政府的義務是：必須執行明朝皇帝的聖旨，經常向明朝政府彙報西域各地的軍事情況；保護東西往來的使者和商旅。
哈密衛的最高軍政首領是哈密王，受明朝政府的冊封。1404-1506年的100餘年間，明朝先後冊封了11位哈密王。
哈密官員的任用，如指揮、都指揮、百戶、千戶、都督僉事、指揮同知、指揮僉事、都指揮僉事、都指揮使、都指揮同知等，都必須經明朝政府批准。他們多為世襲。
當時，明朝還對哈密以外的別失八里、亦力把里、吐魯番和瓦剌等地方割據政權的首領實行冊封和任命。同時，不斷有西域地方政權向明朝中央政府稱臣納貢。
同時，明朝還對瓦剌王進行冊封。雖然瓦剌勢力自成體系，然其首領，也受明朝中央王朝的冊封。1409年夏，明政府封其王特進金紫光祿大夫，又先後封各王為：順寧王、賢義王、安樂王；還賜瓦剌印誥。1466年，各瓦剌王皆受明朝冊封。從1430年到15世紀60年代，瓦剌的命官由明朝中央政府任命。
對東察合台汗的冊封。東察合台汗國沙米查干在位時，汗國內凡有大事，也都遣使請示明朝。對於其王，明朝也予以冊封。1418年，明朝還任命別失八裡頭目速哥為右軍都督僉事，任命另一頭目克剌滿剌為指揮僉事。1442-1579年，明朝還對其所屬吐魯番王指揮僉事、指揮使、指揮同知等實行冊封和任命。
1421年後，瓦剌、吐魯番先後多次爭奪哈密。明朝中央政府4次收復哈密，5次設立哈密衛。到1513年，哈密國亡，明朝也喪失了對哈密的直接統治權。
（本文執筆：李德華 李紹先；注釋和參考資料部分在此省略。）