超級雜交水稻是農業部超級雜交水稻培育計劃的成果，該計劃於1996提出，「雜交水稻之父」袁隆平主持培育計劃。2000年，超級雜交水稻品種達到了第一階段單次水稻產量標準即每公頃產量超過了10.5噸;2004年超級雜交水稻達到第二期產量指標;2012年9月24日，湖南省農業廳組織的專家驗收組宣布超級雜交稻第三期大面積畝產900公斤攻關的圓滿實現。
研究歷程
水稻超高產育種，是近20多年來不少國家和研究單位的重點項目。日本率先於1981年開展了水稻超高產育種，計劃在15年內把水稻的產量提高50%。國際水稻研究所1989年啟動了「超級稻」育種計劃，要求2000年育成產量比當時最高品種高20%-25%的超級稻。但他們的計劃至今未實現。
袁隆平1971年2月調到湖南省農業科學院專門從事雜交水稻研究工作。為加強和協調雜交水稻的科學研究，1984年6月成立了全國性的雜交水稻專門研究機構--湖南雜交水稻研究中心，後又成立國家雜交水稻工程技術研究中心，均由袁隆平任中心主任至今。1995年他當選為中國工程院院士。 被稱為雜交水稻之父。
1960年袁隆平從一些學報上獲悉雜交高粱、雜交玉米、無籽西瓜等，都已廣泛應用於國內外生產中。這使袁隆平認識到：遺傳學家孟德爾、摩爾根及其追隨者們提出的基因分離、自由組合和連鎖互換等規律對作物育種有著非常重要的意義。於是，袁隆平跳出了無性雜交學說圈，開始進行水稻的有性雜交試驗。
1960年7月，他在早稻常規品種試驗田裡，發現了一株與眾不同的水稻植株。
從1964年發現「天然雄性不育株」 算起，袁隆平和助手們整整花了6年時間，先後用1000多個品種，做了3000多個雜交組合，仍然沒有培育出不育株率和不育度都達到100%的不育系來。袁隆平總結了6年來的經驗教訓，並根據自己觀察到的不育現象，認識到必須跳出栽培稻的小圈子，重新選用親本材料，提出利用「遠緣的野生稻與栽培稻雜交」的新設想。在這一思想指導下，袁隆平帶領助手李必湖於1970年11月23日在海南島的普通野生稻群落中，發現一株雄花敗育株，並用廣場矮、京引66等品種測交，發現其對野敗不育株有保持能力，這就為培育水稻不育系和隨後的「三系」配套打開了突破口，給雜交稻研究帶來了新的轉機。是將「野敗」這一珍貴材料封閉起來，自己關起門來研究，還是發動更多的科技人員協作攻關呢?在這個重大的原則問題上，袁隆平毫不含糊、毫無保留地及時向全國育種專家和技術人員通報了他們的最新發現，並慷慨地把歷盡艱辛才發現的「野敗」奉獻出來，分送給有關單位進行研究，協作攻克「三系」配套關。
1973年10月，袁隆平發表了題為《利用野敗選育三系的進展》的論文，正式宣告我國秈型雜交水稻「三系」配套成功。這是我國水稻育種的一個重大突破。緊接著，他和同事們又相繼攻克了雜種「優勢關」和「制種關」，為水稻雜種優勢利用鋪平了道路。其實，袁隆平早有此慮。早在1986年，就在其論文《雜交水稻的育種戰略》中提出將雜交稻的育種從選育方法上分為三系法、兩系法和一系法三個發展階段，即育種程序朝著由繁至簡且效率越來越高的方向發展;從雜種優勢水平的利用上分為品種間、亞種間和遠緣雜種優勢的利用三個發展階段，即優勢利用朝著越來越強的方向發展。根據這一設想，雜交水稻每進入一個新階段都是一次新突破，都將把水稻產量推向一個更高的水平。1995年8月，袁隆平鄭重宣布：我國歷經9年的兩系法雜交水稻研究已取得突破性進展，可以在生產上大面積推廣。正如袁隆平在育種戰略上所設想的，兩系法雜交水稻確實表現出更好的增產效果，普遍比同期的三系雜交稻每公頃增產750-1500公斤，且米質有了較大的提高。至今，在生產示範中，全國已累計種植兩系雜交水稻1800餘萬畝。目前，國家「863」計劃已將培矮系列組合作為兩系法雜交水稻先鋒組合，加大力度在全國推廣。
1996年，農業部立項中國超級稻育種計劃，其中一季雜交稻的產量指標為，第一期(1996-2000年)畝產700公斤，第二期(2001-2005年)畝產800公斤。
1998年8月，袁隆平又向新的制高點發起衝擊。他向朱總理提出選育超級雜交水稻的研究課題。朱總理聞訊後非常高興，當即劃撥1000萬元予以支持。袁隆平為此深受鼓舞。在海南三亞農場基地，袁隆平率領著一支由全國十多個省、區成員單位參加的協作攻關大軍，日夜奮戰，攻克了兩系法雜交水稻難關。經過近一年的艱苦努力，超級雜交稻在小面積試種獲得成功，畝產達到800公斤，並在西南農業大學等地引種成功。目前，超級雜交稻正走向大面積試種推廣中。