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波斯人有一支強大的艦隊，掌握著制海權，但不知是什麼原因，波斯人沒有利用他們這一優勢。他們既沒有利用艦隊去阻止亞歷山大橫渡赫勒斯滂海峽，也沒能在阻止亞歷山大占領小亞細亞沿海城市中有所作為。波斯人甚至想都沒想利用這支強大的艦隊去擾亂馬其頓的後方，煽動希臘的反馬其頓勢力。
(亞歷山大大帝)
亞歷山大占領米利都之時，波斯海軍曾想挑起一場海戰，打擊亞歷山大的氣焰。亞歷山大的一些將領，特別是帕米尼歐，在陸戰勝利的鼓舞下，也想在海上打敗波斯人。帕米尼歐勸亞歷山大向米利都港口外的波斯艦隊發動進攻，因為有一隻鷹落在亞歷山大船尾的海岸上，帕米尼歐把這解釋為海戰的預兆，同時，他認為，如果打勝了，對整個遠征有很大的好處，萬一打敗了影響也不會太大，因為波斯海軍本來就控制了海上。他願意親自率領艦隊和敵艦決一死戰。亞歷山大認為帕米尼歐的判斷是錯誤的，他指出，用160隻戰船的小艦隊去碰一支有400艘戰船的大艦隊，用那些缺乏訓練的水兵去對付久經訓練的由賽普勒斯和腓尼基水手組成的海軍，簡直是發瘋。在毫無把握的情況下，他不能拿馬其頓人的武藝和勇氣去冒險。如果打敗了，將會造成極大的損害，並會引發希臘人的暴亂。他還指出，那隻鷹是落在陸地上的，這意味著，他將在陸地上打敗波斯海軍。
(海上安全一度讓身處內陸的亞歷山大不安)
亞歷山大的分析是正確的，這證明亞歷山大的形勢判斷和指揮才能都高出他的副手一頭。他揚長避短，發揮陸軍的優勢。他認為，只要把沿海的波斯海軍基地都占領了，也就等於打垮了他們的艦隊。這就是他從陸地上征服波斯艦隊的計劃。他不讓海軍出戰，下令嚴密把守米利都港口，阻止波斯海軍登陸，切斷波斯海軍的淡水供應，波斯海軍除在海面游弋外，無計可施，只好離開米利都。
(戰爭之初 馬其頓依靠希臘盟友維持海軍規模)
公元前334年夏，亞歷山大幹脆解散了他的海軍，這一方面是考慮到這支希臘艦隊根本無法戰勝在數量上和質量上都占優的波斯人艦隊；同時，他還擔心希臘海軍在戰敗的情況下會倒戈反叛；另一方面是財政困難，他沒有財力維持這支艦隊。解散海軍後，他把從海軍中抽出來的兵力補充到陸軍中去，率軍向米利都以南的卡里亞挺進，去奪取波斯人最後的海軍基地——卡里亞的首府哈利卡納蘇斯。
哈利卡納蘇斯是波斯帝國從小亞細亞到愛琴海南部通道上的主要海軍基地，戰略地位十分重要。該城地勢險要，城牆堅固，易守難攻。城外有一條45英尺寬、22英尺深的護城河，它向陸地的一面有三個衛城，包括西北角海岸上的薩爾馬西斯要塞和西南部靠海的小島上的「國王堡壘」。這裡集中了大批波斯部隊和僱傭軍，港口則有戰船駐守。守城的指揮官就是從格拉尼庫斯河戰場上逃脫的僱傭軍首領邁農，他早已被大流士任命為下亞細亞地區的總督和海軍的總指揮。邁農作好了一切準備，他不只是要守住該城，他的目的是配合大流士，使亞歷山大處於兩面受敵的境地。
(哈利卡納蘇斯城)
公元前334年秋亞歷山大兵臨哈利卡納蘇斯城城下並面向該城安營紮寨。亞歷山大知道，該城不是一兩天就能攻下的，但也不能長期滯留在這裡，因為有腹背受敵的危險，因此，必須盡一切可能早日奪取這個戰略據點。
哈利卡納蘇斯城的攻防戰是異常激烈的。亞歷山大在這裡幾次受挫。他先是令部隊把護城河填平，然後豎起攻城塔。但波斯守軍乘夜進行偷襲，雖被驚醒的馬其頓部隊趕了回去，那些好不容易豎起的攻城塔卻被燒毀了。就這樣，亞歷山大千方百計攻城，而邁農則想方設法守城。攻城時，攻城塔和扭力石弩發揮了巨大的作用，無數大塊石頭從塔上礌過去，威力無比；邁農也搭起木塔，從木塔上向攻城塔上射箭、投火把，力圖把攻城塔燒掉。經過多日的反覆拼殺、攻奪，雙方都死傷慘重，亞歷山大的部隊不僅有四五十人死亡，還犧牲了幾個著名的軍官。波斯方面損失更大，死亡近千人，負傷者就更多，城牆的一部分已倒塌，另一部分也已百孔千瘡。
(波斯陸軍在伊蘇斯的失敗 也消耗了海軍兵力)
哈利卡納蘇斯已無險可守了，也沒有力量守了。在這種情況下，邁農和波斯將領歐戎托巴提斯開會，決定放棄該城，將部隊的一部分撤到島上的堡壘里，一部分撤到名叫薩馬基斯的高地上。他們在撤出的同時，在大約當晚二更天，放火燒毀了用於對付攻城塔的木塔和一些軍械庫，城牆附近的民房也被燒毀，由於火猛風大，其他民房也被燒著了。亞歷山大見城內火勢猛烈，立即令部隊進城救火，捉拿縱火者，不管是誰，抓住就當場處決。他還下令士兵搶救屋裡被困的老百姓。
天明，亞歷山大發現該城已無保存價值，便令部下把全城夷為平地，留下一些部隊駐守殘城和卡里亞地區。他考慮到波斯部隊和僱傭軍退守的堡壘和要塞地勢險要，圍攻要費很多時日，決定暫時放棄圍攻。這個決定是明智的。這兩個要塞直到一年後的前333年秋，經多次苦戰，才最終被馬其頓人攻下。參考資料:《波斯帝國史》《波斯戰火》《大國興亡錄》《亞歷山大大帝》
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