藍藻在6－9月容易大量繁殖。它們喜高溫和強光，溫度高，繁殖得就快。不過，這種高溫天氣誰都避免不了，想從溫度變化上想法子是不可能的。要從根本上控制藍藻，就必須控制氮和磷，即藍藻所需要的營養。
一、對付藍藻的第一招就是搶食。
藍藻喜歡氮、磷比較高的水體，它是以池塘中的氮和磷為營養的。養殖戶可選擇光合細菌、芽孢桿菌這些有益微生物，它們和藍藻一樣，都是靠吸收氮、磷生存的。這樣說來，向池塘中潑灑這些微生物製劑，就可以依靠它們去搶奪藍藻的營養源。因為這些有益的微生物繁殖的速度非常快，再說合成能力又非常強，利用氮磷的能力又非常強，所以說在它優先利用了氮磷以後，藍藻的數量就要下降。
有益微生物有著自己先天的優勢。俗話說，近水樓台先得月，藍藻主要分布在水的中上層，光合細菌、芽孢桿菌這些有益微生物大部分都附著在池塘底層的底泥上。而底泥中含有大量的氮、磷，有益微生物離得近，自然搶得過藍藻。
池塘里主要的氮、磷來源是池塘的底層，這些有益微生物主要分布在池塘的底層，那麼從它的易得性上來講，從它的營養元易得上來講，它容易得到，有易得性；從它利用價值、利用繁殖速度上講，它的繁殖速度又比較快，利用率又比較高。
吃同樣的食物，有益微生物離得近、搶得快，就會迅速地發展壯大，繁衍出更多的子孫後代和藍藻搶食。不過，微生物繁衍得多了，也需要生活的地方，這時候還要給它們「安家」，增加更多可附著的點。
具體的辦法就是挪動增氧機，利用增氧機造成的氣泡上下翻滾來攪動池塘不同地區的底泥，給微生物提供可附著的環境。池塘不同地方的底泥都被攪動開了，每一顆泥土顆粒都可以成為微生物的家，有益微生物就有更多的地方可以安家了。安家以後的微生物，就能充分發揮跟藍藻搶食的作用了。
二、對付藍藻的第二招就是從根本上控制營養源，也就是讓藍藻沒東西吃。
往飼料里長期添加微生物製劑能夠減少飼料組胺、氮、磷往池塘水中的排泄，從而達到降低氮磷的目的。
魚兒本身就是氮、磷的製造者，它們的糞便可以分解成氮和磷。在飼料中添加一些有益的微生物，就可以促進魚兒的消化吸收。消化好、長得就快，而且，更重要的是氮、磷的數量也會下降。
有益微生物在腸道里大量散布，使其飼料能夠充分消化吸收分解，從而達到了它排泄糞便過程中氮磷的數量下降。同時，它的糞便中帶入了大量的有益微生物，這樣每一條魚都是有益微生物的生產工廠，那麼池塘里會不斷地補充有益的微生物。
排出的氮、磷數量減少，就從源頭上控制了藍藻的營養源。而且，有益微 生物還可以隨著魚兒的排泄物到水裡，再去吸收水中的氮磷。
三、對付藍藻的第三招就是套養花白鰱或羅非魚。鰱魚是濾食性的魚類，藍藻可作它們的餌料。對一些老池塘可以加大花白鰱的投放量，部分新池塘可適當降低花白鰱的投放量。
每畝放養300尾花白鰱是控制藍藻最合適的比例。投放花白鰱也要講究時機，在春季就要提前做好準備，調整好池塘的養殖結構，形成一個良性的生物鏈。
羅非魚也可以吞食藍藻，因此可在池塘中放養一定數量的羅非魚，這樣能收到抑制藍藻繁殖和凈化水質的效果，能變害為利，收到一舉兩得之效。