在《射鵰英雄傳》當中，正式故事開始之前，王重陽就在古墓旁邊建起了全真教的道觀，而後收了丘處機等七個弟子，全真教慢慢的壯大了起來。而後王重陽更是在第一屆華山論劍奪得了天下第一的稱號，這個可是一個活招牌啊，全真教就此越來越興旺。而後像郭靖也曾拜師全真教，結下了深厚的香火之情，先不說全真七子的能力如何，以郭靖的為人也定然不會對全真教放任不管的。
到了《神鵰俠侶》當中，郭靖也曾經帶著楊過上全真教，想要託管。但是正好碰到蒙古高手逼宮全真教，正好搭救。這個時期的全真教看似被蒙古人都逼上山來了，但是人家實際上是不弱的，雖然缺乏最頂尖的高手。但是江湖口碑是非常好的，正如書中寫道的，全真教最近以來好生興旺，幾個道長都收到了好徒弟，在武林的名氣越來越響亮，扶危解困，做下了無數好事，為江湖人士所尊重。但是到了《神鵰俠侶》的後期，全真教因為其激烈的抗金行為，也付出了代價，蒙古人重兵出擊，圍攻終南山，終南山上大火連天，雖然最後全真教門下弟子都全身而退了，但是門派駐地終究是被毀了，祖宗基業沒了，也算是衰落了。
而到了《倚天屠龍記》時期，書中通篇都武當、少林、明教、峨眉等等幾大門派，壓根兒就沒有提到全真教的名頭，難道全真教就此衰落消亡了？其實也沒有，在連載版和三聯版當中，的確沒有提到全真教，而在世紀新修版當中，金庸填補上了這個漏洞，用一句話交代了全真教的現狀。
張三丰道：「請說。」趙敏道：「普天之下，莫非王土，率土之濱，莫非王臣。我蒙古皇帝威加四海，張真人若能效順，皇上立頒殊封，武當派自當大蒙榮寵，【就如當年我太祖皇帝榮封全真教長春真人一般，敕管天下道教，】宋大俠等人人無恙，更是不在話下。」
在趙敏招降張三丰一段當中，用了全真教的長春真人，也就是丘處機來做例子。說太祖皇帝也就是成吉思汗曾經讓全真教長春真人敕管天下道教，也就是說主管天下的道教，也就是說從原則上去判斷，武當也得歸於全真教的管轄。而為什麼全真教在《倚天屠龍記》當中完全沒有出現呢？這個我們可以從小說和歷史兩點去分析。
如果單單從小說去分析的話，比較簡單，一個可以認為是全真教為之前激烈的抗金行為付出的代價，剝奪了武力，以單純的機構存在。另一個的話可以認為，全真教既然已經接受了元朝的冊封，那麼已經不算是單純的江湖門派了。更何況其他的門派一直都是在抗金的，不是一路人，玩不到一塊去，所以全真教門人也就不出沒江湖了。
太祖時方西征，日事攻戰，處機每言欲一天下者，必在乎不嗜殺人。及問為治之方，則對以敬天愛民為本。問長生久視之道，則告以清心寡欲為要。太祖深契其言，曰：「天錫仙翁，以寤朕志。」命左右書之，且以訓諸子焉。於是錫之虎符，副以璽書，不斥其名，惟曰「神仙」。
而從歷史去分析的話，我們就要大致說一下全真教在元朝的發展史了。全真教可以說是隨著元朝發展起來的。在二十四史當中的《元史列傳第八十九釋老（二）》當中有提到丘處機。宋朝、金國來召，都不去，而蒙古來召的時候，丘處機認為：天子的使節來徵召我，我應該前往。於是待著十八弟子前往會面，勸成吉思汗停止殺戮。這個也就是我們所熟悉的「一言止殺」或者說「止殺令」。次年，再見成吉思汗，聊天之後，成吉思汗說到：「天錫仙翁，以寤朕志。」賜予丘處機虎符、文書，稱之為「神仙」，以「道家事一切仰『神仙』處置」，詔丘處機掌管天下道教。這個時間段可以說是全真教茁壯成長的時間，丘處機所創立的全真龍門派也就此壯大。
但是全真教的發展也並非一帆風順的，中國歷史上有十餘次的「佛道之辯」。有兩次就是發生在元朝元憲宗時期，前後相差三年。第一次發生在元憲宗五年，以李志常為首的全真道敗北，被迫燒毀「偽經」經版，退還佛寺37處。第二次發生在元憲宗八年（公元1258年），是中國歷史上規模最大，影響最深遠的佛道之辯。以張志敬為首的全真道一方再次敗北，結果樊士應等道士削髮為僧，被迫燒毀「偽經」經版45部，退還佛寺23處。（具體的大家可以查查歷史，道教其實有點憋屈，佛教的聯合作戰，涉及宗教，太詳細的不好寫）全真教也就逐漸的衰落了。而《倚天屠龍記》的故事發生在元朝末年(公元1337年-1360年)，全真教已經經歷了那段時期，可以說的確有些衰落了。