甲午戰爭後，日本除了在中國的東三省各地布滿了情報網，日本還在上海建立了東亞同文書院，它是日本在華以民間社團為面目的兩個最大的情報組織之一。
1898年，東亞同文會成立，在日本東京設立本部，在中國上海、北京、漢口等地設立支部。參加東亞同文會的，均是日本政界的風雲人物，其首任會長是日本貴族院議長近衛篤麿，其子是大名鼎鼎的近衛文麿。1898年，根津一也加入東亞同文會並擔任幹事長。
1899年，東亞同文會提議在華辦學。次年5月，東亞同文會設立了南京同文書院，根津一任首任院長。1901年3月，該院遷往上海。當時上海已是中國的商業貿易中心和政治、外交中心，又有原日清貿易研究所的遺址。
於是根津一將上海作為永久院址，同時將書院更名為東亞同文書院，其辦學宗旨宣稱：「講中外之實學，育中日之英才，一樹中國富強之基，一以固中日輯協之根，所期在保全中國，定東亞久安之策，立宇內永和之計。」
實際上，身為陸軍參謀本部大尉的根津一，並沒有打算將東亞同文書院辦成一個教育機構、學術團體。根據根津一的設想，燃燒著「天皇的忠誠戰士」鬥志的行家們，以通商口岸為據點，像水浸染一般席捲中國才是最理想的。培養這些尖兵，乃是根津一和東亞同文書院的任務。
自開辦起到1919年的20年里，東亞同文書院只招收日本學生。從1907年起，書院開始接受日本政府的大量財政資助，並接受日本政府管轄和監督。
東亞同文書院的課程設置大多與中國有關。通過長期的漢語學習，加上特殊的專業訓練，書院的日本學生留上長發或戴上假髮套，就可以自由如風地在中國內地活動。
學生們非常清楚學習和旅行調查的終極目的，在書院第9期學生入蜀考察前，學員們公然打出了這樣的標語：「不要命，不要名，不要錢，滿懷著不平、野心，鬱憤叢積，遠離故土，會有看到大和櫻花與旭日國旗在蜀山之巔高高輝耀的那一天。」
東亞同文書院承襲了樂善堂和日清貿易研究所的傳統，十分重視對中國社會狀況的實地踏訪。從第一屆開始，每屆學生都會用3個月至半年時間，數人結成一組，或乘車坐船，或騎馬徒步，足跡遍及除西藏以外的中國所有地區。
他們的調查線路如蛛網般遍布中國，有的還涉足東南亞和俄國西伯利亞及遠東。除了日本一向關注的東北、華北，中國東部和中部一些省份的縣級以上城市，越來越多地被納入調查的範圍。而且調查地域有明確的選擇性，調查活動以地理位置或經濟地位較高的地區為重點推進。越往後，調查活動越專業化。
調查的主持者和組織者不僅對中國的「硬體」十分關注，而且對中國地方政府的運作、民眾的評價及社會對災害性事件防禦能力等方面的「軟體」，也頗為用心。
東亞同文書院歷屆學生的調查報告，均裝訂成冊，每年印5份抄本，分別送交日本外務省、農商務省及陸軍參謀本部參考。東亞同文會、同文書院也各保存一份。
在東亞同文書院45年的辦學歷史上，其編撰的種種報告、資料，沒有一年不單獨列出一份呈交陸軍參謀本部。這些由晚清至抗戰前中國社會各方面的大量情報，無疑給日本制定軍事侵略、經濟掠奪、文化顛覆的戰略與政策，提供了充分的依據。
以這些調查報告為基礎，同文書院出版了《支那經濟全書》和《支那省別全志》。《支那經濟全書》的「敘」里如此寫道：「所謂經濟事項者，網羅靡遺，本末具舉，洋洋乎大觀哉。此書一出，其裨益於我貿易產業者，豈淺鮮也乎？」