復合微生物肥料把無機營養元素、有機質、微生物菌有機結合於一體，體現無機化學肥料、有機肥料以及微生物肥料的綜合效果，是化解土壤板結現象，修復和調理土壤，提高化學肥料利用率，減少江河污染，減少病蟲害發生，增強農作物的抗逆能力，提高農作物果實品質和產量的首選肥料。
多年來，在農作物栽培中，化學肥料的用量在不斷增加，有機肥料的用量越來越少，而農作物對化學肥料的利用率僅僅在30%左右，約70%的化學肥料沉積固定在土壤中或隨雨水流失於江河中而不被農作物吸收和利用，這造成了土壤板結，環境污染，江河和地下水富營養化日趨嚴重，土壤有機質含量降低，肥力下降，土壤中有益微生物的生存空間變小，數量減少，農作物的抗病、抗寒、抗旱能力減弱，病蟲害的發生越來越嚴重，導致農作物品質下降，產量降低。
復合微生物肥料在農作物上推廣應用，不僅可以提高化學肥料的有效利用率，肥料利用率可以提高10%-30%，應用試驗表明：用枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、嗜熱脂肪地芽孢桿菌生產的復合微生物肥料連續使用兩年以上，土壤中有益放線菌數量增加8.4倍，固氮菌增加39倍，從而達到活化、蔬鬆土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉積固定在土壤中的化學肥料活化後再一次供農作物吸收利用。同時土壤中側孢芽孢桿菌數量的增加，對土傳真菌性病害以及根結線蟲能進行有效生物防治，其防治率可高達70-80%，與化學農藥防效相當。從而減少化學農藥的使用量，提高農作物的品質和產量以及抗重茬的能力。
近幾年來，生物有機肥料、復合微生物肥料的應用日趨廣泛，特別是復合微生物肥料迅速崛起，這將使我國肥料行業進入一個嶄新時代，復合微生物肥料在農業生產中應用表明，在化學肥料利用率的提高，疏鬆土壤，減少江河污染，培肥地力，減少病蟲害的發生，增強作物的抗逆性等方面都有著非常好的效果。
重點：化學肥料，有機肥料以及微生物肥料之間的關係：
長期以來，有一些從事化學肥料、有機肥料、微生物肥的企業或技術人員總要站在自己的行業對三者進行比較，誰比誰好，其實，在農業生產中化學肥料、有機肥料、微生物肥料之間沒有可比性，根本就不存在誰取代誰的問題，它們之間的關係就像人們餐桌上的魚肉、蔬菜、水果之間的相輔相存，互相補充的關係，復合微生物肥料充分地把三者之間有機地結合在一起，發揮1+1+1＞3的作用。
復合微生物肥料的功能特點：
全營養型：不僅給作物生長提供所需的NPK和中微量元素外，還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。
肥效具有緩釋的功效，提高肥料的利用率：在生產過程中，部分無機營養元素溶解後被有機質吸附絡合在一起，形成有機態NPK，進入土壤不易被流失和固定，化學肥料利用率可提高10-30%，肥效可持續3-4個月。
疏鬆土壤，溶磷解鉀,培肥地力：肥料進入土壤後，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助下大量繁殖，減少了有害微生物群體的生存空間，從而增加了土壤有益微生物菌的數量，微生物菌產生大量的有機酸可以把多年沉積在土壤中的磷鉀元素部分溶解釋放出來供作物再次吸收利用,長期使用后土壤將會變得越來越疏鬆和肥沃。
防病防蟲抗重茬
微生物菌在肥料中處於休眠狀態，進入土壤萌發繁殖後，分泌大量的幾丁質酶、胞外酶和抗生素等物質，可以有效裂解有害真菌的孢子壁，線蟲卵壁和抑制有害菌的生長，有效地控制土傳性病蟲害的發生，起到防病防蟲和抗重茬的功效。
生根壯苗，降低亞硝酸鹽含量，提高品質，增產增收
微生物菌在土壤中繁殖後，產生大量的植物激素和有機酸，刺激根系生長發育，增強農作物的光合強度，作物生長根深葉茂，可有效提高作物果實的糖度,降低作物產品中硝酸鹽及其它有害物質的含量，提高品質，農作物可增產10-30%。
加速土壤中有機質的降解，不僅為農作物生長提供更多有機營養物質，提高農作物的抗逆性；同時還可以減少土壤中一些病源菌的生存空間。
發展前景：
據農業部全國農技推廣中心技術促進處處長周澤宇預測，未來5—10年，生物肥料需求將達4500萬噸，特別是如果復合微生物肥料一旦快速推開，市場規模將很大。
南京農業大學教授黃為一認為，有機肥、生物肥和無機肥三者結合具有顯著的協同互補效應。
中國農科院研究員周法永將復合微生物肥料界定為第三代生物肥，具有營養、調理和植保「三效合一」的綜合功能。
農業部微生物肥料和食用菌菌種質量監督檢驗測試中心主任李俊介紹，復合微生物肥料由功能菌、有機質和氮磷鉀組成，達到「化肥速效、有機肥長效、微生物肥料促效與轉化」的綜合效果，應用前景廣闊。
李俊解釋，實踐證明，單純的推廣有機肥和微生物肥難度很大，而復合微生物肥把科學性、合理性和可接受性結合得最好，既滿足了農業生產需求，順應了農民用肥習慣，在價格上也能為企業和市場所接受，同時還保障了政府追求的生態保護目標。
於是，李俊曾建議將復合微生物肥稱作「全元生物肥」。
據了解，目前生物肥行業在冊企業共有950家，年產量大約1000萬噸，截至今年9月份產品登記總數為2299個，生物肥應用面積超過2億畝，已經成為生物產業和生物經濟中一支重要力量。