雖然外界預計的反艦彈道飛彈作為一種新型武器，可能被認為是「遊戲規則的改革者」，但這並不意味著它不能被反擊。可以想像有幾種潛在的對抗反艦彈道飛彈的方法，這些方法可以組合使用。反艦彈道飛彈不是海軍面臨的第一個「遊戲改變者」；海軍過去曾為其他新型武器(如反艦巡航飛彈)開發各種對抗措施，現在很可能正在探索各種對抗反艦彈道飛彈的方法。
對抗反艦彈道飛彈可能涉及採用各種主動(即「硬殺傷」)措施的組合，例如用攔截飛彈擊落反艦彈道飛彈，以及被動(即「軟殺傷」)措施，如掩蓋海軍艦艇的確切位置或使反艦彈道飛彈再入後找不到目標。採用主動和被動措施的組合將攻擊反艦彈道飛彈「殺傷鏈」中的各個環節。發射反艦彈道飛彈需要完成整個殺傷鏈才能確保攻擊目標。這個殺傷鏈序列包括目標的檢測、識別和定位，將該數據傳輸到反艦彈道飛彈發射器，發射飛彈，以及讓反艦彈道飛彈再入飛行器找到目標。
攻擊對手殺傷鏈中的各個環節是對抗的必由之路。例如，2011年9月30日的一篇新聞報道援引海軍副參謀長赫伯特·卡萊爾中將的話說，美軍能夠針對對手的殺傷鏈的每一個鏈條實施攻擊。例如，美軍海軍水面艦艇可以使對手更難探測、識別和跟蹤這些船隻的方式，包括控制電磁輻射或使用誘餌。海軍可以獲得武器和系統，用於擊落或干擾對手的遠程海上監視和瞄準系統。
美軍還可以攻擊反艦彈道飛彈發射器，以及在其飛行的不同階段實施摧毀，包括在彈頭接近其預定目標時誘騙和迷惑它們。在飛行中摧毀反艦彈道飛彈的選項包括SM-3中段BMD攔截飛彈(包括新的Block IIA版本)、SM-6末端防禦BMD攔截飛彈，以及加速超高速彈丸(HVP)、電磁軌道炮(EMRG)和固態雷射器(SSLS)。此外當反艦彈道飛彈接近其預定目標時，美軍還會使用電子戰系統或發射煙霧和碳纖維雲，用於誘騙和迷惑彈頭導引頭。
從2016年開始，美國海軍作戰部長理察森多次強調，來自俄羅斯等敵對國家的遠程反艦武器發展並不意味著美國國海軍就無計可施。他認為，僅僅因為所謂的「航母殺手」飛彈的射程比美國航空母艦上的飛機航程遠，並不意味著美國就不敢在對方飛彈射程內部署航母。他認為所謂的A2/AD（反介入/區域拒止）區域是「並不是一個無法穿透的禁區，當然飛彈很危險，如果航母必須要完成任務，不排除冒著危險的情況下才能進入這一區域。」
理察森特別對A2/AD的「拒止」能力提出了質疑。他認為這種拒止是一種「願望」，而不是「既成事實」。媒體在報道反介入/區域拒止的威脅時，經常使用地圖上畫有「從海岸線延伸出來的紅色弧線」來標記不同飛彈系統的界限，這似乎意味著越過這些界線的軍事力量將面臨「一定的破壞」。但根據理查森的說法，這一切都是猜測：「現實要複雜得多，實際上要想獲得成功真的很難。它需要完成一系列非常複雜的操作。這些弧線無疑代表著危險。但是這些威脅並不是不可克服的。」
「美軍可以在對手的A2/AD（反介入/區域拒止）區域內作戰。這不是什麼新鮮事，美軍以前也做過，「理察森說。因此，儘管對手可以開發反艦彈道飛彈，並在紙上宣布其射程，但在現實世界中事情變得棘手得多，美國擁有最多和最好的海上作戰經驗。事實上，就像許多美國海軍指揮官一樣，海軍空戰主管德沃爾夫·米勒將軍也指出，無論是DF-21D或DF-26反艦彈道飛彈系統或堡壘-P超音速反艦飛彈系統，他們的防禦範圍並不是無法穿透的「鐵域」。同樣S-400或HQ-9防空系統，也不一定會把他們保護的空域變成美軍艦載機的禁區。
米勒說，自從誕生以來，航空母艦就一直受到威脅。在很多方面，航空母艦面臨的威脅在冷戰期間要大得多。當時蘇聯集結了十幾架圖-22M3逆火轟炸機，並部署配備大型巡航飛彈的奧斯卡級SSGN潛艇來追捕和摧毀美國海軍航母。而美軍開發了擊敗蘇聯威脅的方法，美軍航空母艦將適應在新環境中的作戰。米勒說：「A2/AD的概念不是新的，這就是我的觀點。我不想輕描淡寫，但美軍在信息戰、電子戰、有效載荷和武器系統方面的改進，讓我們完全能應付新威脅。」