我們在防治魚病時，首先要對魚病做出正確的診斷，正確的診斷主要靠對魚體的檢查。檢查病魚時，最好撈取瀕臨死亡而未死的病魚進行檢查，如果達不到這一要求，也要儘可能地選用剛剛死亡且體色未變、尚未腐敗的魚進行檢查。受檢魚需要帶至異地檢查時，受檢魚應放在盛有水的水桶內，如果病魚已死，可能某些寄生蟲就會離開魚體而影檢查，此時可用濕布或濕紙包裡帶回。
魚類發病的原因很多，歸根到底是環境、魚類及病原體三者之間相互作用的結果。因此在正確診斷魚病時，還得從以下方面加以綜合分析，方能做到對症施治。
一、造成水產養殖病害發生的"兩大"因素
外界因素
基本上可以概括為生物、環境和人為三大因素。
1.生物因素
主要有細菌、病毒、真菌、藻類、原生動物、蠕蟲、甲殼動物等病原體和敵害生物等。
2.環境因素
主要包括底質和淤泥、光照、水溫、溶解氧、 酸鹼度、氨氮、亞硝酸鹽和硫化氫等有毒有害物質。
3.人為因素
養殖設施設計不科學、操作不細緻魚體受傷、 放養密度不恰當、混養比例不恰當、放養患病養殖動物、飼養管理不善、飼料質量差或投喂不當、飼養管理不當等。
內在因素
水產養殖動物的免疫力下降，是引發魚病的內在原因。魚病的發生都有一定的原因和條件，內因是關鍵。
養殖動物對病原的敏感性強弱與其自身的遺傳性質和免疫力有關， 在一群(塘)魚中有魚生病但仍有一些魚不發病，而生理狀態、營養條件、生活環境等也都能影響養殖動物對病原的敏感性。天然免疫力的消退和獲得性免疫力的減弱均能引起水產動物的免疫力下降，引發養殖動物患病。
二、魚病診斷「三查」方法
魚兒發病查診時，很多人只看一條魚的外表而忽略魚鰓和(剖腹)內臟，要"三合一體"查看才是診斷魚病的關鍵所在。根據體表、魚鰓、內臟的「三查」所掌握的有關情況，再結合發病季節進行綜合分析，就可以準確診斷魚病，從而做到對症下藥，收到藥到病除的效果。
一查體表
將病魚平放，按順序從病魚的頭部、嘴、眼睛、鱗片、鰭條等部位逐次仔細觀察。
1.細菌病：傳染性魚病常常表現為出血症狀。魚體發黑，背部肌肉發紅，鰭基充血，肛門紅腫，剝皮可見出血，可能是患有病毒性出血病或腸炎病。鱗片脫落，局部出血發紅、發炎，一般是赤皮病；若病魚鰓蓋或鰭基部充血，表皮充血不明顯，肌肉呈點狀充血或塊狀淤血可能是出血病；病魚腹部膨大，肛門紅腫呈紫紅色，輕壓腹部有乳黃色液體流出是腸炎病；在魚腹部兩側或一側有圓形紅色腐爛斑塊，像蓋過的印章或者尾柄及腹部兩側有火烙樣的紅斑或表皮腐爛是列印病；生有棉絮狀的白色物是水霉病；病魚尾柄表皮發白是白皮病；病魚在水中頭部或嘴部明顯發白，離水後不明顯是白嘴病；體表有白色斑點，白點之間有出血或紅色斑點多是卵甲藻病；等等。
2.寄生蟲病：寄生蟲病常表現出黏液分泌增多、發白、有點狀或塊狀的胞囊等症狀。車輪蟲、魚波豆蟲、斜管蟲、三代蟲等，一般會引起魚體分泌大量黏液，或者頭、嘴及鰭條末端腐爛，但鰭條基部一般無充血現象。眼角膜混濁，有白內障時很可能是復口吸蟲病；體表黏液較多並有小米粒大小、形似臭蟲的蟲體多是魚鯴病；體表有白色亮點，離水2小時亮點消失多是小瓜蟲病；部分鱗片處發炎紅腫，有紅點並伴有針狀蟲體寄生多是錨頭鰠病；魚成群在池水錶面或池塘周邊狂游，且頭部充血呈紅色，死亡多且迅速，一般多是車輪蟲病；等等。
3.其它：魚下唇突出呈簸箕口狀，則是因時常缺氧浮頭引起；病魚眼球突出、脫落，且鱗片松立，一般多為池水有毒或者是寄生蟲所致；魚體呈彎曲狀多是池水中重金屬離子含量較高或有機磷中毒所致；等等。
二查鰓
正常的鰓絲整齊、緊密，呈鮮紅色。鰓部檢查的重點是鰓絲。打開魚鰓蓋，檢查鰓有無異樣，首先注意鰓蓋表皮有沒有腐爛或變成透明現象；然後用剪刀將鰓蓋除去，檢查鰓絲是否正常。
1.細菌病：鰓絲腐爛發白，尖端軟骨外露，並有污泥和黏液多是爛鰓病；鰓絲顏色比正常的魚較白，並略帶紅色小點，多為鰓霉病；鰓絲髮白呈貧血狀，或者是鰓霉病或球蟲病；等等。
2.寄生蟲病：鰓部分泌有大量的黏液，有時將鰓絲和鰓蓋好象粘在了一起，則可能是患有鰓隱鞭蟲、魚波豆蟲、車輪蟲、斜管蟲、三代蟲、指環蟲等寄生蟲病；鰓絲末端掛著像蠅蛆一樣的白色小蟲多是中華鰠病；鰓部浮腫，鰓蓋張開不能閉合，鰓絲呈暗淡色多是指環蟲病；等等。
3其它：鰓絲呈紫紅色並伴有大量黏液多為有機氯中毒所致；鰓絲呈紫紅色，黏液較少多為經常缺氧浮頭所致；等等。
三查內臟
內臟檢查的內容很多，打開病魚腹部，用剪刀或手術刀將一側魚鱗去掉一些，在去鱗處剪開皮膚，剝去一部分皮膚，看皮膚是否變為紅色；再從肛門處下剪，一路向上剪至體腔背部，再轉向前剪，一直剪至鰓蓋後緣，另一路沿腹中線向前剪，至鰓蓋後下緣，最後將這一側皮膚整個去除，露出內臟器官。
先觀察腹內是否有腹水，腹水的顏色如何，有無肉眼可見的寄生蟲，如魚怪、線蟲、舌狀絛蟲、長棘吻蟲等。然後仔細地將體內各器官用剪刀分開，分別仔細觀察各器官有無患病症狀。
1)肝胰臟：是否腫脹，是否有變色，是否呈花斑狀，是否有白點，是否有膿包或結癤等。
2)膽囊：是否腫大，是否顏色變淺，是否膽汁變稀薄。
3)腎臟：是否腫脹，是否有變色，是否呈花斑狀，是否有膿包或結
4)脾臟：是否腫脹，是否有變色，是否呈花斑狀，是否有出血點，是否有膿包或結癤等
5)心臟：是否腫脹，是否有出血點或出血斑等。
6)腸道：正常的魚腸管中充滿了食物或糞便，腸壁呈鮮紅色。查檢腸道從前腸至後腸剪開，分成前、中、後3段進行觀察。
1.細菌病：腸管全部或部分充血呈紅色，腸壁不發炎可能是出血病；充血且發炎，並伴有大量乳黃色黏液多是腸炎病；等等。
2.寄生蟲病：前腸壁增厚，腸道呈白色且前段腫大，腸內壁有許多白色絮狀小結節為球蟲病或黏孢子蟲病；在腸內寄生的較大的寄生蟲，如吸蟲、絛蟲、線蟲等都容易被看到。等等。
三、魚病查診的"四個"了解
魚生病後，會表現出各種異常現象，如在水面懸浮、離群獨游、攝食量突然急劇下降等。發生急性型魚病時，病魚一般在體色、外觀和體質上與正常魚差別不大，僅病變部位稍有變化，但一經出現死亡，死亡率會急劇上升；而發生慢性型魚病，則往往體質消瘦、活動緩慢、體色發黑、離群獨游，死亡率一般呈緩慢上升趨勢。
魚類受到寄生蟲侵襲時，往往出現焦躁不安。如魚鯴侵襲，魚的體色變化不大，但魚出現上躥下跳，陣性狂游；當鰱碘泡蟲侵襲鰱魚時魚的尾部上翹露出水面，在水中狂游亂竄打圈子。
因農藥或工業污水排放造成魚類中毒時，魚會出現跳躍和衝撞現象，一般在較短時間內就出現麻痹甚至死亡。由寄生蟲引起的死亡，一般是緩慢地逐漸增加，比如指環蟲、三代蟲的侵襲，死亡率一般不會太大；可是若遇魚類中毒，則往往在極短的時間內出現大批魚類死亡，而且不分品種，「四大家魚」、野雜魚、泥鰍都會毫不例外地死亡。
因此，及時到現場觀察魚的活動情況對於魚病的及時診斷和處理具有至關重要的意義。在調查中，還應注意病魚是陸續少量死亡，還是死亡有明顯的高峰期，前者應考慮是寄生蟲侵襲的可能，而後者可能是傳染性魚病。
1.水溫：水溫與魚病的流行有密切的關係，各種病原體都有其繁育生長的最佳溫度範圍。很多致病菌和病毒在平均水溫25℃左右時，毒力顯著增高，水溫降到20℃以下時，則毒力減弱，使病情減弱或停止。斜管蟲宜在水溫12～18℃時大量繁殖；小瓜蟲生長和繁殖的水溫，一般在15～25℃，當水溫低於10℃以下或高於26℃時，則停止繁殖。
2.水色：觀察水的顏色，對水質情況也可進行大致了解。水中腐殖質多時，水呈褐色；水中含鈣質多時，呈現天藍色；微囊藻大量繁殖時，水呈銅綠色；城市排出的生活污水，一般呈黑色；當水質被污染時，因污水種類和性質不同而出現不同的顏色，如紅、黑、灰白色等，透明度也會隨之大大降低。
3.指標：水中的溶解氧、pH、氯化物、硫化物等與魚病流行的關係極為密切。有的魚池數年不清塘，有的網箱長年擺設於一個地方，魚的糞便和殘餌大量沉積，當水底溶氧量減少時，嫌氣微生物發酵分解產生硫化氫，不僅容易使魚類中毒，而且更加劇了溶氧的缺乏，造成魚類「浮頭」或窒息死亡。目前網箱養魚在寒冷的冬季常發生大批死魚，多數是因水溫高於氣溫，底層水溫高於表層水溫，使養殖區域庫水上下對流，造成缺氧所至。有機質多而水質發臭的水，一般都適宜鰓霉的大量繁殖，引起鰓霉病的流行；酸性水常引起嗜酸性卵甲藻病的暴發；氯化物和硬度高的水，則會促使小三毛金藻大量繁殖，造成魚類中毒死亡。
對投餌、施肥、放養密度、放養品種和規格、各種生產操作記錄及歷年發病情況等都應作詳細了解。投喂酸敗飼料和腐爛變質的飼料，容易引發魚的瘦弱病和死亡；放養密度過大，魚攝食量不足，體質差，對疾病的抵抗力弱，也容易引起疾病；施肥量過大，在池中直接漚肥，投餌量過多等，都容易引起水質惡化，造成缺氧，影響魚的生長，同時給病原體和水蜈蚣等敵害生物創造了條件，導致魚的大批死亡；水質過瘦，餌料生物缺乏，又容易引起跑馬病、萎癟病的發生；拉網等操作不當造成魚體損傷後容易引起白皮病和膚霉病等。
調查中還應了解以前治療的情況，應詳細詢問曾用過何種藥物，效果如何，這些情況都有助於對魚病做出正確的診斷。
了解周圍的環境中是否存在污染源或流行病的傳播源，魚池周圍的環境衛生，家畜、家禽、螺蚌及其敵害生物在漁場內的數量和活動情況等，特別對一些急劇的大量死魚現象，尤其需要了解附近農田施藥情況和附近廠礦排放污水情況，在工業污水和農藥中，尤以酚、重金屬鹽類、氯化物、酸、鹼、有機磷農藥、有機氯和有機砷等對魚類危害較大。一旦確診為中毒死亡，應迅速了解施藥的種類或污水中的主要致死化學成分，以便採取應急措施。
四、魚病診斷的"五個"原則
1．判斷是否由於病原體引起的魚病的原則
由病原體引起的魚病反而為大多數人所掌握或者了解，但有些魚類出現不正常的現象，並非全是由於傳染性或者寄生性病原體引起的，也就是說還有很大的比例是非病原性"魚病"，有可能是由於水體中溶氧量低導致的魚體缺氧，甚至是各種有毒物質導致的魚體中毒等。
上述非病原體因素導致的魚體不正常或者有死亡現象，通常都具有明顯不同的症狀。
非病原體因素解析如下：
(1)因為在同一水體的魚類受到來自環境的應激性刺激是大致相同的，魚體對相同應激性因子的反應也是相同的，因此，魚體表現出的症狀比較相似，病理髮展進程也比較一致。
(2)某些有毒物質引起魚類的慢性中毒除外，非病原體引起的魚類疾病，往往會在短時間內出現大批魚類失常甚至死亡。
(3)查明患病原因後，立即採取適當措施，症狀可能很快消除，通常都不需要進行長時間治療。
2．依據魚病發生的季節的原則
因為各種病原體的繁殖和生長均需要適宜的溫度，水溫的變化與季節有關。所以，魚類疾病的發生大多具有明顯的季節性。
適宜於低溫條件下繁殖與生長的魚病病原體引起的魚病大多發生在冬季，而適宜於較高水溫的魚病病原體引起的魚病大多發生在夏季。
3. 依據患病魚體的外部症狀和遊動狀況的原則
雖然多種傳染性魚病均可以導致魚類出現相似的外部症狀，但是，不同魚病的症狀也具有不同之處，而且患有不同魚病的魚類也可能表現出特有的游泳狀態(泳姿)。
如鰓部患病的魚類，一般均會出現缺氧浮頭的現象，而當魚體上有寄生蟲寄生時，就會出現魚體擠擦和時而狂游的現象。
4．依據魚類的種類和發育階段的原則
因為各種病原體對所寄生的對象具有選擇性，而處於不同發育階段的各種魚類由於其生長環境、形態特徵和體內化學物質的組成等均有所不同，對不同魚病原體的感受性也不一樣。
所以，鯽或者鯉的有些常見魚病，就大多不會在冷水魚中發生，有些魚病在幼魚中容易發生，而在成魚階段就不會出現了。
5．依據魚病發生的地區特徵的原則
由於不同地區的水源、地理環境、氣候條件以及微生態環境均有所不同，導致不同地區的病原體體系也有所不同。
對於某一地區特定的飼養條件而言，經常流行的魚病種類並不多，甚至只有1~2種，如果是當地從未發現過的魚病，患病魚也不是從外地引進的話，一般都可以不加以考慮地區特徵，是否是新的病種而需要更深入地從更深層次的角度去探究魚病的病原和病因。
結合現在的社會水平，魚病初始查診以目檢為主要方法。目檢主要以症狀為主，要注意各種疾病不同的臨床症狀一種疾病在臨床上通常有幾種不同的症狀，如腸炎病，有鰭基部充血、蛀鰭、肛門紅腫、腸壁充血等症狀；同一種症狀，幾種疾病均可以出現，如細菌性赤皮、爛鰓、腸炎等病，均能出現體色發黑、鰭基部充血等症狀。因此，目檢時要認真檢查，全面分析，抓住典型症狀進行綜合判斷。