朱元璋建立明朝後，特別重視對皇子們的教育，洪武九年，朱元璋做了一個特別的決定，他把幾個10歲以上的兒子，都送到老家鳳陽，讓皇子們在鳳陽體會底層老百姓的生活。這一年，17歲的燕王朱棣剛剛成婚，他的王妃是魏國公徐達的長女徐氏。徐氏陪伴朱棣在鳳陽居住了3年多，然後夫妻二人奉命一同趕往北京，從此，朱棣正式過上了藩王的生活。朱棣和燕王妃感情很好，他們一共生了三個兒子，分別取名朱高熾、朱高煦、朱高燧。
朱棣從小喜動不喜靜，因此，他多次受到朱元璋的批評。相比之下，他的次子朱高煦有過之而無不及。朱高煦從小非常兇悍，經常舞蹈弄棒，像一個混世魔王。他的哥哥朱高熾身材肥胖，讀書寫字比較認真，朱高煦十分不省心，經常因此被挨打。後來，朱元璋下令，把孫子們都接到南京讀書，朱高煦到南京後，因為舉止輕佻，不愛學習，朱元璋並不喜歡他，《明史》云：
高煦不肯學，言動輕佻，為太祖所惡。
朱高熾三兄弟在京城，除了在皇宮內接受教育外，還經常到外公徐達家中做客。其中，徐達的長子徐輝祖看朱高煦不學無術，曾教訓過朱高煦。在古代，舅舅教訓外甥，乃天經地義，但朱高煦桀驁不馴，一言不合，差點和舅舅動起手來。徐輝祖因此斷言：朱高煦叛逆無道，若不嚴加管教，將來甚至叛父叛君。
朱元璋駕崩後，傳位於建文帝朱允炆。建文帝是朱元璋的孫子，也是燕王朱棣的侄子。建文帝即位後，聽信齊泰、黃子澄等人的建議，立即著手削藩。周王朱橚被貶為庶人，齊王朱榑被軟禁，湘王朱柏被逼自殺……建文帝削藩愈演愈烈，遠在北京的朱棣心急如焚。很明顯，他作為勢力較大的藩王之一，又是朱元璋在世兒子中最年長的一個，他註定要以悲劇收場。在姚廣孝等人的慫恿下，朱棣開始秘密招兵買馬，準備起兵造反。
建文元年五月，朱元璋的忌日到來，按理說朱棣應該到南京親自祭祀父親，但朱棣病了（裝的），只能派3個兒子代祭，於是，朱高熾、朱高煦、朱高燧三兄弟從北京趕往南京，代父祭祖。此時，魏國公徐輝祖秘密入宮，他告訴建文帝一件大事。他認為：他這三個外甥，只有二外甥朱高煦威脅最大，一定要想辦法將他除掉，否則後患無窮。建文帝心軟，沒有答應。徐輝祖為了大局著想，打算私自行動。
在朱高煦等人打算離開南京的前天晚上，徐輝祖邀請外甥朱高煦來家做客，朱高煦察覺舅舅的眼神有異常，飯都沒吃，躲到了馬棚里。徐輝祖找不到朱高煦，以為朱高煦逃跑，連忙召集眾人持刀搜索，找了一夜，也沒找到。第二天清晨，朱高煦扮成馬夫，搶了一匹馬逃離南京。舅舅徐輝祖一路追殺，可惜沒能追上。《明史紀事本末》記載：
輝祖察高煦有異志，非但不忠，且叛父，他日必為大患……高煦陰入馬廄，取其馬以行，輝祖追之，不及。
關於徐輝祖追殺朱高煦的細節，很多史書上都有介紹。有人認為，舅舅徐輝祖實際上並不想殺朱高煦，只是想把他抓住關押起來。但按照王世貞的說法，徐輝祖當時是想大義滅親，因為他一旦抓了朱高煦，就等於和朱棣撕破臉，抓和殺，沒有區別。因此，他絕對不是簡單的抓自己的外甥。
半年後，主要高煦跟隨父親朱棣起兵造反，朱棣讓長子朱高熾鎮守北京老巢，他帶上次子朱高煦出征。朱高煦十分勇猛，在白河溝之戰，擔任先鋒，斬殺瞿能父子，名聲大振。在東昌之戰中，朱棣兵敗，心腹大將張玉也戰死，眼看陷入絕境，關鍵時刻，朱高煦率兵趕到，救出朱棣。建文四年，朱棣的大軍來到南京浦口，為了激勵朱高煦，朱棣說「你好好表現，你哥哥身體不好，你是知道的。」朱高煦大喜，因為這是父親在暗示自己，將來會把太子之位給自己。朱高煦奮不顧身，一舉攻破城門。
靖難之役的結局，並不是「清君側」，而是改朝換代。朱棣登基，雖然大明朝還在，但他不承認建文帝的皇位，實際上是違背了朱元璋的遺願。當年朱高煦從舅舅家馬棚里逃走，僅僅過了3年時間，他就成了這場戰爭中的悍將，協助父親推翻了建文帝，說明徐輝祖當初對他的斷言非常正確。
朱棣登基後，徐輝祖不承認朱棣皇位的合法性。一日，朱棣派朱高煦去勸徐輝祖，徐輝祖看到朱高煦後罵道：「亂臣賊子，當初沒有殺掉你，我終身飲恨！」