在歷史書中，太平天國運動失敗的原因被一句簡單的「農民階級的局限性所概括」，作為中國歷史上規模最大的一次農民起義，太平天國的覆滅受多種原因的影響。筆者認為，三大原因不可忽略。
首先，是太平天國上層權力的博弈。
在成立初期，太平天國領導階級內部的文化水平並不高，考上秀才的都要算裡面的高學歷。在一開始的時候要想發表些什麼宣傳文章，還要去找讀書人來寫，但這些人的學習能力很強，沒寫幾次他們就覺得太麻煩了，開始使用活字印刷術，這一技術也得以在民間普及。
雖然文化水平有限，但其實太平天國的領導思想是十分完善的，太平天國文化價值體系包含多個方面，其中的「平等」思想可以看作是近代女性運動的開端，在《天朝田畝制度》中明確提出，「無論富貴貧賤，無論男女，平等分田，平等用權」。
這樣普世的平等思想，是太平天國之所以能夠吸引廣大農民階級參與的重要原因，也是其失敗的原因。太平軍領袖利用宗教融入大眾，同時也把它當做權力紛爭的武器。
在一開始的時候，洪秀全聲稱自己是上帝的二兒子，是耶穌的弟弟，掌握了絕對的宗教領袖地位，這引起了東王楊秀清的不滿，他時常倒在地上，滿身抽搐，假裝昏迷，而後聲稱被天帝附體，一開始的時候還只是干擾一些決策，慢慢他利用上帝附體為藉口，斬殺了多位與其有不同思想的將領，之後更是宣稱洪秀全忤逆，要打他板子。
看著上身附體這麼靈，蕭朝貴也無法炮製，宣稱能被耶穌附體，這一來一去，上層權力缺乏了制衡，變得一片混亂，為今後的內亂埋下了伏筆。
其次，是太平天國定都天津選址錯誤。
太平天國之所以能夠在一開始的時候迅速發展壯大，極大的原因是誕生地廣西選得好，當時的廣西紫荊山一帶彙集了大量的農民、礦工，他們處於封建社會的底層，對這些人來說，太平天國宣傳的平等思想是誘人的，與此同時，這一地區的百姓有信仰神靈的基礎。
而定都南京後這一優勢迅速消失了，作為六朝古都，南京自古以來就是文化重鎮、商業重鎮，讀書人非常多，這裡的人們精神世界也極其豐富，除了讀畫本看戲劇以外，閒著沒事兒還能逛逛街。
在這種情況下，要想通過傳教來擴大規模是非常困難的，這就造成在政權建立後太平天國一直沒有補充中堅力量，整個太平天國時期的主要領導人全部都是在廣西一帶就加入運動的，這就意味著整個太平天國戰鬥力在定都後就一直處於被削弱的狀態。
最後，是太平天國對手選擇錯誤。
在太平天國運動結束之後，曾國藩對於太平天國運動失敗的原因曾說過這樣一句話「舉中國數千年禮義人倫詩書典則，一旦掃地盪盡，此豈我大清之變，乃開闢以來名教之奇變。」簡單來說，太平天國的對立面太過廣泛。
雖然從一定程度上來說太平天國衝擊孔廟，四書五經，對於淘汰腐朽文化有一定的進步作用，但這種做法一定程度上也意味著把中國所有文人都當做了自己的對手。不僅如此，太平天國幾乎反對中國一切的宗教信仰，包括但不限於傳統道教，佛教，這就導致很多農民階級也不認可他們的思想，在這種情況下，太平天國的外來矛盾十分尖銳。
在各種原因的雜糅下，失敗幾乎是太平天國的宿命，這結局從其誕生就已經決定了。然而我們要承認的是，太平天國運動是數千年封建壓迫下，廣大農民階級出於對自由平等的渴望而發出的一聲怒吼，這對於後世革命的發生有極大的借鑑意義。