宗室起兵反叛對政權的穩定勢必有很大影響，那南北朝時期又是如何對待宗室叛亂和政權穩定呢？
北魏一朝宗室起兵反叛次數不多，但是終究因內訌和不滿都失敗了
終北魏一朝宗室起兵反叛次數屈指可數，身居中央的宗室由於缺少足夠的兵力，因此其行動主要目標是控制皇帝，保證行動的迅速，如果一擊不中往往招致失敗的結局，而外鎮地方的宗室雖然可以調動更多兵力，但也意味著要以一州或一鎮的軍力與全國對抗，更何況面臨重重限制，其失敗的可能性也更大。
在宣武帝時期發生的著名宗室叛亂有兩次，一次是京兆王元愉在冀州發動叛亂，一次是中山王元熙叛亂。但是宣武帝時期最先發動叛亂的是咸陽王元禧，元禧失去輔政大權之後意不安，禧遂與其妃兄兼給事黃門侍郞李伯尚謀反。
參與元禧叛亂的除了其妃兄李伯尚還有武興王楊集始，其長子通被派往河內舉兵相應，叛亂很快失敗其原因一是，元禧此次叛亂本是受其齋帥唆使，而起兵之後眾情不一，內訌已起元禧也無法再採取進一步行動；二是宣武帝及時發現元禧叛亂。
由於在宣武帝親政廢黜六輔中，有大功的於烈掌管禁軍處分有備，元禧叛亂最終還是失敗。元禧叛亂中值得注意的是既有氐族又有北魏將領參與，但是其主要參與人員還是王國的屬官齋帥、防閣。河內太守陸琇也參與了元禧謀反的行動，應該與其孝文帝時期被免官而心懷不滿有關，元禧的失敗也揭示了處於中央的宗室反叛失敗的必然性。
《論北魏京兆王元愉冀州叛亂》中分析了高肇在此次事件中所扮演的角色，以及宣武帝對於諸王有所忌憚的原因，但是對於北魏來說這也是整個宗室內鬥的一場悲劇，負責鎮壓元愉叛亂的除了頓丘李平，還有安樂王元詮。
元愉能首告的原因應是元愉起兵之時，通知了元詮希望能到得到他的響應，但是一來元詮曾經在州貪穢，政以賄成一心貪污腐敗，參與叛亂的風險對於元詮來說過大，二是元詮曾經是太子中庶子，作為東宮的屬官與太子時期的宣武帝有舊，因此他不會支持元愉。
關於元愉叛亂失敗的原因，多歸結於北魏中央與地方的實力對比懸殊，以及對於出鎮宗室的嚴密監控體系。元愉出鎮冀州雖然時間尚短，但是實際上就他一系列後續措施而言，已經明顯比元禧要準備充分並且堅決。
首先是對內，州府之中不服從元愉的官員均被害，通過威逼利誘等方式將州府掌控在手，對外通過詐言國變。在北州鎮，咸疑朝廷有釁，並且拉攏冀州附近地方官員，甚至招附蠕蠕降戶攻擊北魏官軍。
此時元愉才21歲，一方面用果斷的手段平息領地內的反抗意見，一方面準確分析內外形勢，尋找任何可能的助力，很難想像這些是好文章，頗著詩賦之人的所作所為。
州佐的任用由刺史決定，而府佐則多由朝廷任命，因此州佐與刺史關係密切，二者可謂榮辱與共，而府佐直接對朝廷負責，掌握軍權的他們對出鎮宗室有很強的牽製作用，《北魏州軍府制度考論》中將這一制度解釋為實質上，就是將軍府制度應用於地方刺史制度的產物，無疑是為了適應魏晉以來戰亂頻繁、地方行政機構軍事化之需要。
但是府佐對於出鎮宗室的牽制實際上有兩種極端，當宗室年幼不習政事，或者貪圖安逸之時，府佐就掌握全部軍政大權，例如元愉任徐州刺史時以彭城王中軍府長史盧陽烏兼長史，州事巨細，委之陽烏。而當宗室心懷二心之時，府佐也成為了宗室首先的打擊對象。
高肇將親信安排在元愉軍府之中，是為了打探元愉動靜，高肇縱使是外戚這種舉動也有不當之處，宣武帝不可能不掌握，但是他默許了這種行為說明，將元愉安排為冀州刺史是有意為之，冀州雖為河北重鎮，但還是無法和中央抗衡，由於北魏對方鎮的嚴密監管制度元愉起兵最終還是失敗了。
而司馬李遵曾經為太子步兵校尉，也應與太子時期的宣武帝有舊，府佐的主要官員全都在宣武帝及高肇的掌握下，這應該是宣武帝故意設計。
元愉叛亂所帶來的政治影響甚大，他給了宣武帝以藉口除去彭城王元勰，幽禁廣平王元懷，史書大多將其歸於高肇，但是高肇作為外戚之所以能屢屢中傷北魏宗室，就是因為宣武帝作他的後盾，宣武帝為了維護自身皇權的至高無上而利用外戚打壓諸王，元愉起兵叛亂實際上是北魏上層的政治鬥爭發展到極致的產物。
自孝文帝一朝至北魏滅亡不過五十餘年，在如此短的時間之內北魏承受了孝文帝改革所帶來的雙重影響，一方面通過宗室辨族等措施，使得拓跋氏的組群結構由家族向宗族轉變，鞏固了皇權統治，另一方面也造成北魏宗室，有服宗親與出服疏屬之間的分裂，家族秩序的形成使得宗室在家國觀念上有了轉變，他們的政治行為也因此而受到影響。
宣武帝時期對待諸王的政策與孝文帝時期大相逕庭，這是因為宗室對於皇權來說是雙刃劍，當皇權需要宗室力量的支持才能穩固的時候，二者相輔相成。
而宣武帝初期六輔權力過大對皇權構成了威脅，因此宣武帝以高肇打擊諸王，其後果就是宗室起兵反叛愈來愈頻發，嚴重削弱了宗室的力量，北魏上層本身牢固的共同體也逐漸瓦解，對北魏後期政局帶來嚴重影響。