從《終結者6》開始，整個電影宇宙，就將《終結者2》之後的所有時間線抹除了，也就是說，其實《終結者6》才是真正的《終結者3》。
在《終結者2》以後，莎拉和兒子確實阻擋了天網的審判日，而她自己卻被國家當成瘋子，一直關在療養院，其實在她夢境發生的「審判日」是真實的，不過這一切都發生在原始的1號宇宙，所以，雖然莎拉改變了原始宇宙的未來，卻創造出了一個全新的平行宇宙，而原始宇宙依舊在1997年發生了「審判日」，同時30億人口也被剝奪生命。
在2號宇宙中，天網雖然沒有形成，但是在後來的時間裡，人類又研發出了「軍團」，軍團與天網是一模一樣的超級人工智慧，因此，即便人類可以刺殺歷史的關鍵人物，但永遠無法阻擋歷史發展的洪流。
當年在天網垮台之前，天網同時派出多種型號的終結者，前往不同的時空去刺殺康納，當時在2號宇宙里，天網並未形成，審判日也沒有發生，因此，在2號宇宙里，終結者執行的任務也是無效任務，康納也不是未來世界的領袖，即便殺死他，也不會對整個時間線造成影響。
當時T-800殺死年幼康納之後，它就暫時失去了存在的意義，後來他為了變得更像人類，於是成家立業，與妻子一同養著他們的孩子，至此，T-800慢慢覺醒情感系統，他明白了自己當年殺死康納，簡直是奪走了莎拉的生存意義，於是他對莎拉，發送了一條簡訊，簡訊沒有署名，結尾只寫著「為了康納」，這段簡單的話語，讓莎拉重拾自己存在的意義。
在2號宇宙中，審判日雖然推遲了，但終究還是降臨了，當時毫無徵兆，在第一天，所有的機器全部停擺，在第二天，人類開始與軍團作戰，他們利用脈衝波，暫時阻擋住了軍團的進攻。至此人類也進入了一個黑暗時代，這個時代是機器人統治人類的時期，一名叫丹妮的人，將所有廢墟里的倖存者組織在一起，建立了反抗軍，於是他們開始一起對抗機器人。在遙遠的2042年，軍團眼看敗局已定，它開始派出一款全新的終結者Rev-9，前往2020年，去刺殺年輕的丹妮。同時未來世界的丹妮，也派出一名自己曾經救下的女孩，前往2020年，去保護年輕的自己，這個女孩是一名強化人，她是一個半人半機器的改造人，因此，也是唯一一個能和Rev-9抗衡的人。
Rev-9是一個冷血無情的殺手，他人狠話少，剛一落地，就殺死了丹妮的父親，並偽裝成丹妮父親的樣子，前去工廠接近丹妮，不料在他正要開槍射殺丹妮時，另一個偽裝成工人的女孩，也不斷朝他射擊，將他打擊的連連後退，最後他的全身也被打爛，並暴露出機械之軀。此時，丹妮還沒從喪父之痛中回過神來，只見女孩將她攬入懷裡，強行帶走，並給她解釋，那人根本不是她的父親，如果不提早離開，她30秒內必死無疑。
他們三人一起駕車逃亡，可是Rev-9也已經恢復身體 ，並駕駛推土機，一直在追擊他們，面對Rev-9的步步緊逼，那個名叫格蕾絲的女孩，跳入後車廂，不斷拿起鐵棍朝他拋去，瞬間將他釘在駕駛座上，不過Rev-9不像T-X那樣弱智，他可以分裂出一個液態分身，繼續朝丹妮他們攻擊，但他剛撲到車廂時，格蕾絲就將他踢飛，不過他在跌下去之前，就將汽車的後輪拽下，導致汽車失去平衡，最終撞倒兩側的圍欄，而他並未停手，瞬間搶下一輛汽車，繼續朝丹妮他們的車撞來，幸虧格蕾絲及時將丹妮拉走，她們才躲過一劫。
隨著爆炸的結束，Rev-9也被能量波解體，不過他很快就可以重構身體。格蕾絲拿起鐵棍，準備迎戰，關鍵時刻，突然出現一輛車，直接撞飛Rev-9的分身，車上下來的人，不斷朝Rev-9的本體射擊，將他打得遍體創傷，並推到橋下，同時用肩炮，一炮轟飛他的分身，並朝他的本體扔下一枚手雷彈，就瀟洒轉身離去。
與此同時，格蕾絲和丹妮趁機一起逃走，在逃亡途中，格蕾絲將丹妮父親死亡的事實，全盤告訴了她，並給她解釋了Rev-9的能力，只要他接觸了人類，就可以複製人類，凡是被他複製的人類，必死無疑。她還沒說完話，就由於身體過度消耗，差點崩潰，如果不及時注射特殊試劑，就會徹底玩完。於是丹妮帶著她去藥店搶藥，本來已經得手，可是她們離開時，格蕾絲卻體力不支跌倒，為了不讓她們被抓，丹妮瞬間撿起手槍，威脅了一下店員，就將格蕾絲帶走了。
她們在離開時，再次遇到了老年的莎拉，莎拉主動與她們結盟，一起駕車逃跑，回到家裡之後，莎拉似乎會得很多，她能輕車熟路地運用那些試劑，並將格蕾絲從鬼門關救回。當格蕾絲醒來時，她將自己來自的時代，以及審判日發生的時間，還有未來世界的情況，都說了出來。莎拉也將自己成功阻擋天網的誕生，與救下30億人口，以及自己兒子被殺的過去，統統告訴了丹妮他們。三人在互相交換信息之後，似乎再次理解了2號宇宙的真相，並且他們一致達成要消滅Rev-9的共識，也將保護丹妮作為首要任務，因為丹妮是人類的未來，雖然康納已死，但是根本無法阻止反抗軍領袖的誕生，於是丹妮也順理成章地成為新領袖，這也是天網要刺殺她的真實目的。
由於莎拉收到訊息的位置，與格蕾絲身上紋地地址一樣，於是他們將這個地址當成下一個目的地，只有來到這裡，才能解開這一切的謎團。他們經過重重關卡，終於在丹妮叔叔的幫助下，偷渡到墨西哥一個偏僻的地方，找到了那個發布訊息的人。當她們推開房門時，莎拉一眼就認出了開門的人，那人正是蒼老的T-800，當年也是他親手殺死的康納，所以莎拉十分激動，恨不得原地殺死他，可還是被格蕾絲攔住了，才暫時避免了一場內戰。
他們四個人，經過簡單的接觸之後，終於弄懂了T-800這些年發生的事情，原來由於莎拉阻止了審判日，導致T-800的任務變成了無效任務，他在殺死康納之後，失去存在的意義，自從他收養兒子之後，他才明白莎拉這些年的失子之痛，於是他變得更像一個人類，並且擁有了自己的選擇，為了彌補對莎拉造成的傷害，才發送了那條「為了康納」的訊息，並選擇了保護丹妮，甚至將對抗軍團，作為他新的人生意義。
他們四人心裡十分明白，常規武器根本無法傷害到Rev-9，於是選擇向軍方借一些脈衝武器，並建立一個殺戮空間，將Rev-9誘入陷阱，從而徹底消滅他。四人經過一番商討之後，決定一起去討要武器。他們在討要武器的過程中，就遭到Rev-9的襲擊，最後眾人齊心協力，一起駕駛直升機逃走，途中他們還擊爆了Rev-9的飛機，並將他成功從機艙打了下去。千鈞一髮之際，格蕾絲將未來的真相提前告知丹妮，原來丹妮並不是下一位救世主的母親，而她自己本身就是救世主，也是帶領人類反抗「軍團」的吹哨人，同時也是人類最後的希望，所以，她現在必須做出決策，選擇用何種方法，去對付終結者Rev-9。
逃亡過程中，很快他們就被Rev-9追上，並且飛機也被他弄得墜毀，在下墜前，T-800捨身取義，用肉身留住Rev-9以斷後，而莎拉和丹妮進入裝甲車，並成功保住自己的性命。最後他們四人已經遍體鱗傷，徹底失去戰鬥力，而Rev-9已經讓他們引入陷阱，為了徹底消滅Rev-9，T-800和莎拉只能硬著頭皮阻擊Rev-9，最終Rev-9的分身，徹底被他們拽入脈衝機器里，在機器高速的旋轉的打磨下，Rev-9的液態身體被完全解體，但他並沒有死亡，苟延殘喘的分身再次站起，繼續朝丹妮進攻而來，為了徹底解決隱患，格蕾絲祭獻出她的電池，T-800直接將Rev-9拽入深坑中，並將那塊電池塞入Rev-9的口中，與他同歸於盡，在火光閃耀的爆炸中，莎拉終於對這一切釋懷，而丹妮的內心也徹底蛻變，變得十分堅韌和穩重，這也是她能成為反抗軍首領的必經之路。
《終結者6》徹底顛覆了系列過往的一切設定，它將天網和康納直接扼殺在搖籃里，但又重塑出一個本質上沒有改變的未來，說明歷史的洪流是無法改變的，一切都是人類的宿命，即便殺死所有的關鍵人，以及將天網扼殺在搖籃之中，審判日永遠也不會被終結，它會以另一種形式出現，在歷史的長河裡，一切的人和事都是隨波逐流，泥沙根本沒有自由意志，它們也無法改變河流的流向，它們一切的努力，也不過是對命運的微調。